Aunque la altitud media de Afganistán es de unos 1.200 m, la cordillera del Hindu Kush se eleva a más de 6.100 m en el extremo norte de la franja de Wakhan, en el noreste, y continúa en dirección suroeste durante unos 970 km, dividiendo las provincias del norte del resto del país. El centro de Afganistán, una meseta con una elevación media de 1.800 m, contiene muchos pequeños valles fértiles y proporciona excelentes pastos para ovejas, cabras y camellos. Al norte del Hindu Kush y de la cordillera central, la altitud desciende a unos 460 m, lo que permite el crecimiento de algodón, frutas, cereales, cacahuetes y otros cultivos. El suroeste de Afganistán es un desierto, caluroso en verano y frío en invierno. Los cuatro principales sistemas fluviales son el Amu Darya (Oxus) en el norte, que desemboca en el mar de Aral; el Harirud y el Morghab en el oeste; el Helmand en el suroeste; y el Kabul en el este, que desemboca en el Indo. Hay pocos lagos.