Aunque se gastan miles de millones de dólares de los contribuyentes en reforzar la seguridad aeroportuaria, se teme que las cosas aún no sean lo suficientemente seguras. Un informe de marzo de 2004 de la Oficina de Rendición de Cuentas del Gobierno (GAO, antes Oficina General de Contabilidad) afirmaba que seguían existiendo problemas «en la contratación, despliegue y formación del personal de control». La escasez de personal y el proceso de contratación de la TSA siguen dificultando su capacidad para dotar de todo el personal necesario a los puestos de control»
La GAO también señaló los grandes retrasos en la implantación del CAPPS II, que va muy retrasado y ni siquiera tiene fecha de finalización ni estimaciones de costes. El informe de la GAO afirma que «la TSA no ha abordado plenamente siete de las ocho cuestiones identificadas por el Congreso como elementos clave relacionados con el desarrollo, el funcionamiento y la aceptación pública de CAPPS II».
El programa de alguaciles aéreos también fue objeto de críticas en el informe de la GAO: la necesidad de muchos alguaciles adicionales dio lugar a un programa de formación abreviado, y los recortes presupuestarios han paralizado aún más el programa. Una reciente investigación del inspector general del DHS descubrió 753 informes de mala conducta de los comisarios aéreos durante un periodo de ocho meses en 2002, incluyendo el hecho de dormir y estar borracho mientras estaba de servicio.
Por último, muchos expertos en seguridad temen que haya demasiadas amenazas que no se están abordando en absoluto. Muchos manipuladores de equipaje, mecánicos y otros técnicos con acceso a los aviones no son examinados ni registrados. Los lanzadores de cohetes tierra-aire de mano son otra preocupación – actualmente, la aviación estadounidense no tiene prácticamente ninguna defensa contra un ataque de este tipo.