Cependant, la consanguinité recèle des problèmes potentiels. Le pool génétique limité causé par la consanguinité continue signifie que les gènes délétères se répandent et que la race perd de sa vigueur. Les fournisseurs d’animaux de laboratoire en dépendent pour créer des souches uniformes d’animaux qui sont immunodéprimés ou qui se reproduisent pour un trouble particulier, par exemple l’épilepsie. Ces animaux sont consanguins au point d’être génétiquement identiques (clones !), une situation que l’on ne rencontre normalement que chez les vrais jumeaux. De même, une quantité contrôlée de consanguinité peut être utilisée pour fixer des traits souhaitables chez le bétail d’élevage, par exemple le rendement laitier, les rapports maigre/gras, le taux de croissance, etc.
Survenue naturelle de la consanguinité
Cela ne veut pas dire que la consanguinité ne se produit pas naturellement. Une meute de loups, qui est isolée des autres meutes, par des facteurs géographiques ou autres, peut devenir très consanguine. L’effet de tout gène délétère se fait sentir dans les générations suivantes, car la majorité de la progéniture hérite de ces gènes. Les scientifiques ont découvert que les loups, même s’ils vivent dans des régions différentes, sont génétiquement très similaires. Il est possible que la désolation de leur habitat naturel ait considérablement réduit le nombre de loups dans le passé, créant ainsi un goulot d’étranglement génétique.
Chez le loup, le manque de diversité génétique les rend sensibles aux maladies car ils n’ont pas la capacité de résister à certains virus. Une consanguinité extrême affecte leur succès reproductif avec des portées de petite taille et des taux de mortalité élevés. Certains scientifiques espèrent pouvoir développer un patrimoine génétique plus varié en introduisant des loups d’autres régions dans les meutes de loups consanguines.
Un autre animal souffrant des effets de la consanguinité est le panda géant. Comme pour le loup, cela a entraîné une faible fertilité chez les pandas et des taux de mortalité infantile élevés. Au fur et à mesure que les populations de pandas s’isolent les unes des autres (en raison des humains qui bloquent les routes que les pandas utilisaient autrefois pour se déplacer d’une région à l’autre), les pandas ont plus de difficultés à trouver un partenaire avec un mélange différent de gènes et se reproduisent avec moins de succès.
Chez les chats, l’isolement naturel et la consanguinité ont donné naissance à des races domestiques telles que le Manx qui s’est développé sur une île, de sorte que le gène de l’absence de queue s’est répandu malgré les problèmes qui lui sont associés. En dehors de l’étrange chat qui a sauté du navire sur l’île de Man, il y a eu peu de croisements et l’effet de la consanguinité se reflète dans des tailles de portée inférieures à la moyenne (les généticiens pensent que plus de chatons Manx qu’on ne le pensait sont réabsorbés en raison d’une anomalie génétique), des mort-nés et des anomalies de la colonne vertébrale que les éleveurs diligents ont travaillé si dur pour éliminer.
Certaines colonies sauvages deviennent très consanguines parce qu’elles sont isolées des autres chats (par exemple dans une ferme isolée) ou parce que les autres compagnons potentiels de la région ont été castrés, les éliminant du pool génétique. La plupart des travailleurs félins qui s’occupent de chats sauvages ont été confrontés à certains des effets de la consanguinité. Au sein de ces colonies, l’occurrence de certains traits peut être supérieure à la moyenne. Certains ne sont pas graves, par exemple une prédominance de chats à motif calicot. Parmi les autres traits héréditaires que l’on peut retrouver en nombre supérieur à la moyenne dans les colonies consanguines, citons la polydactylie (le cas le plus extrême rapporté jusqu’à présent étant celui d’un chat américain ayant neuf orteils à chaque pied), le nanisme (bien que les chattes naines puissent avoir des problèmes lorsqu’elles essaient de mettre au monde des chatons en raison de la taille de la tête de ces derniers), d’autres déformations structurelles ou une prédisposition à certaines maladies héréditaires.
Le résultat ultime de la consanguinité continue est un manque de vigueur terminal et une extinction probable, car le pool génétique se contracte, la fertilité diminue, les anomalies augmentent et les taux de mortalité s’accroissent.