En 2004, Vincent Caron achète le nom de domaine Covoiturage.fr et lance la première version du site Covoiturage.fr. En 2006, le nom de domaine est vendu à Frédéric Mazzella. Il crée la société Comuto qui deviendra la société propriétaire de chaque site de covoiturage.
En août 2008, Comuto lance la deuxième version du site internet. La nouvelle version comprend un aspect communautaire permettant la recommandation publique, les profils et les biographies. Covoiturage.fr est à la fois un site web de voyage et un site web communautaire. Dès septembre 2008, Covoiturage.fr est devenu le site web de covoiturage numéro un en France.
En 2009, Comuto a lancé une version espagnole du site sous le nom de Comuto.es. Tout au long de l’année, Comuto a ouvert de nombreux services de covoiturage pour des entreprises et des villes, comme : MAIF, IKEA, Vinci Park, RATP, Carrefour, la ville de Montrouge et de multiples autres. En décembre 2009, la société a dévoilé son application iPhone, le pendant android a dû attendre février 2010.
En juin 2011, Comuto a introduit BlaBlaCar.com au Royaume-Uni.
En juin 2012, un service de réservation en ligne a été ajouté à Covoiturage.fr : les utilisateurs achètent leur trajet en ligne et le site web reverse une partie du prix du billet au conducteur. Cette solution avait été testée dans l’Ouest de la France depuis 2011. Le service web a mis en place son modèle économique et a commencé à faire des bénéfices. C’était aussi un moyen d’attirer les conducteurs et d’atteindre la masse critique. Entre juillet et novembre, Comuto s’est développé en Italie, au Portugal, en Pologne, aux Pays-Bas, au Luxembourg et en Belgique.
En avril 2013, BlaBlaCar est lancé en Allemagne où de nombreux autres sites de covoiturage existent déjà. Le 29 avril, Covoiturage.fr est rebaptisé BlaBlaCar.fr afin d’unifier tous les sites sous un seul nom. À la fin de l’année, BlaBlaCar a révélé qu’ils avaient 5 millions de membres avec 1 million d’utilisateurs actifs mensuels répartis dans 10 pays.
En janvier 2014, BlaBlaCar est introduit en Ukraine et en Russie, la société a fortement considéré le Brésil comme la prochaine étape. En septembre, le service compte 10 millions d’utilisateurs.
En janvier 2015, BlaBlaCar s’étend à l’Inde. L’entreprise rachète plusieurs concurrents : Covoiturage en Allemagne, Autohop en Europe de l’Est et Rides au Mexique. Cette dernière opération permet à l’entreprise de mettre un pied sur le continent américain, notamment au Mexique. A cette époque, l’entreprise compte 290 employés sur trois continents et 20 millions d’utilisateurs dans 19 pays. Le 18 mai, BlaBlaCar a signé un partenariat avec Axa afin d’assurer ses utilisateurs.
En octobre 2016, BlaBlaCar a signé un contrat avec GoEuro, une rémunération basée sur le nombre de connexions établies.
En avril 2017, un service de location longue durée est proposé aux meilleurs conducteurs. Il est le fruit d’un partenariat avec le constructeur Opel et la société ALD Automotive, spécialisée dans la location longue durée. Le 2 mai, une autre application est lancée : BlaBlaLines, une application de covoiturage quotidien, expérimentée sur deux lignes en France. Son pendant iOS est lancé le 14 septembre.
Le 30 janvier 2018, BlaBlaCar s’est offert un nouveau look avec une nouvelle identité visuelle et un nouveau guide de style. Un nouvel algorithme est également mis en place afin d’augmenter le nombre de trajets proposés aux utilisateurs. En juin 2018, BlaBlaCar affirmait compter « 60 millions de membres dans 22 pays et plus de 18 millions de voyageurs chaque trimestre ».
En novembre 2018, il a été annoncé que BlaBlaCar allait racheter l’autocariste longue distance Ouibus à la SNCF. Dans le cadre de la transaction, la SNCF est devenue actionnaire de BlaBlaCar. Ouibus a été rebaptisé BlaBlaBus. En outre, BlaBlaCar a également levé 114 millions de dollars auprès de la SNCF et d’investisseurs précédents.