Un groupe de politiciens et d’officiers militaires dominicains avait exprimé son intérêt pour l’unification de toute l’île, alors qu’ils cherchaient la stabilité politique et le soutien sous Haïti, qui à l’époque était encore considéré comme ayant beaucoup de richesse et de pouvoir. Haïti avait été de loin la colonie la plus riche de l’hémisphère occidental et était connue comme la perle des Antilles.
Le président d’Haïti, Jean Pierre Boyer, a promis sa protection et son soutien total aux gouverneurs frontaliers, et c’est ainsi qu’il est entré cérémonieusement dans le pays avec environ 10 000 soldats en février 1822, après que la plupart des villes et villages aient proclamé leur allégeance à la République d’Haïti entre novembre 1821 et janvier 1822, notamment Puerto Plata (13 décembre 1821) et Santiago (29 décembre 1821). Le 9 février 1822, Boyer entre officiellement dans la capitale, Santo Domingo, où il est accueilli avec enthousiasme et reçu par Núñez qui lui offre les clés du Palais. Boyer a rejeté l’offre, en disant : « Je ne suis pas entré dans cette ville en conquérant mais par la volonté de ses habitants ». L’île fut ainsi réunie du « Cap Tiburon au Cap Samana en possession d’un seul gouvernement. »
Enfin, le gouvernement haïtien devint extrêmement impopulaire dans tout le pays. La population dominicaine s’impatientait de plus en plus de la mauvaise gestion et de l’incompétence perçue d’Haïti, ainsi que des lourdes taxes qui étaient imposées de leur côté. Le pays est frappé par une grave crise économique après avoir été contraint de payer une énorme indemnité à la France. Une dette a été accumulée par Haïti afin de payer leur propre indépendance vis-à-vis de la nation européenne ; cela donnera lieu à de nombreux complots anti-haïtiens.
Résistance
Une assemblée des Trinitarios
En 1838, Juan Pablo Duarte, un nationaliste instruit, fonde un mouvement de résistance appelé La Trinitaria ( » La Trinité « ) avec Ramón Matías Mella et Francisco del Rosario Sánchez. Il est ainsi nommé parce que ses neuf membres initiaux se sont organisés en cellules de trois. Les cellules ont ensuite recruté en tant qu’organisations distinctes, en maintenant un secret absolu, avec peu ou pas de contacts directs entre elles, afin de minimiser les risques de détection par les autorités haïtiennes. De nombreuses recrues rejoignirent rapidement le groupe, mais celui-ci fut découvert et contraint de changer son nom en La Filantrópica (« La Philanthropique »).
En 1843, la révolution fit une percée : ils travaillèrent avec un parti haïtien libéral qui renversa le président Jean-Pierre Boyer. Cependant, le travail des Trinitaires dans le renversement a attiré l’attention du remplaçant de Boyer, Charles Rivière-Hérard. Rivière-Hérard emprisonne certains Trinitarios et oblige Duarte à quitter l’île. Pendant son absence, Duarte a cherché du soutien en Colombie et au Venezuela, mais sans succès.
En décembre 1843, les rebelles ont dit à Duarte de revenir car ils devaient agir rapidement parce qu’ils avaient peur que les Haïtiens aient appris leurs plans d’insurrection. Lorsque Duarte n’est pas revenu en février, pour cause de maladie, les rebelles décident d’agir quand même avec la direction de Francisco del Rosario Sánchez, Ramón Matías Mella et Pedro Santana, un riche éleveur de bétail d’El Seibo qui commandait une armée privée de péons qui travaillaient sur ses domaines.