Un pyélogramme rétrograde est réalisé pour localiser le calcul dans le rein. Avec une petite incision d’un centimètre dans les reins, l’aiguille de néphrolithotomie percutanée (NPC) est passée dans le bassin du rein. La position de l’aiguille est confirmée par fluoroscopie. Un fil guide est passé à travers l’aiguille dans le bassin. L’aiguille est ensuite retirée avec le fil-guide toujours à l’intérieur du bassin. Les dilatateurs sont passés par-dessus le fil-guide et une gaine de travail est introduite. Un néphroscope est alors passé à l’intérieur et les petits calculs sont retirés. Si le calcul est gros, il peut d’abord être écrasé à l’aide de sondes à ultrasons, puis les fragments de calculs sont retirés.
La partie la plus difficile de l’intervention consiste à créer le tractus entre le rein et la peau du flanc. La plupart du temps, on y parvient en faisant avancer une aiguille depuis la peau du flanc jusque dans le rein, ce que l’on appelle la technique » antérograde « . Une technique « rétrograde » a récemment été mise au point : un fil fin est passé de l’intérieur du rein à l’extérieur du flanc à l’aide d’un urétéroscope flexible. Cette technique peut réduire l’exposition aux radiations pour le patient et le chirurgien.