Des Grecs à la Renaissance
Le premier grand généraliste de la classification occidentale est Aristote, qui a pratiquement inventé la science de la logique, dont la classification a fait partie pendant 2 000 ans. Les Grecs étaient en contact permanent avec la mer et la vie marine, et Aristote semble l’avoir étudiée de manière intensive lors de son séjour sur l’île de Lesbos. Dans ses écrits, il a décrit un grand nombre de groupes naturels et, bien qu’il les ait classés du simple au complexe, son ordre n’était pas évolutif. Il était cependant très en avance sur son temps en séparant les animaux invertébrés en différents groupes et était conscient que les baleines, les dauphins et les marsouins avaient des caractères de mammifères et n’étaient pas des poissons. Dépourvu de microscope, il ne pouvait évidemment pas s’occuper des formes minuscules de la vie.
La méthode aristotélicienne a dominé la classification jusqu’au XIXe siècle. Son schéma était, en effet, que la classification d’un être vivant selon sa nature – c’est-à-dire ce qu’il est réellement, par opposition aux ressemblances superficielles – nécessite l’examen de nombreux spécimens, l’élimination des caractères variables (car ils doivent être accidentels et non essentiels) et l’établissement de caractères constants. Ceux-ci peuvent ensuite être utilisés pour élaborer une définition qui énonce l’essence de l’être vivant – ce qui fait qu’il est ce qu’il est et ne peut donc pas être modifié ; l’essence est, bien sûr, immuable. Le modèle de cette procédure se trouve dans les mathématiques, en particulier la géométrie, qui fascinaient les Grecs. Les mathématiques leur paraissaient le type et l’exemple de la connaissance parfaite, car leurs déductions à partir d’axiomes étaient certaines et leurs définitions parfaites, indépendamment du fait qu’une figure géométrique parfaite puisse jamais être dessinée. Mais la procédure aristotélicienne appliquée aux êtres vivants ne se fait pas par déduction à partir d’axiomes énoncés et connus, mais par induction à partir d’exemples observés et ne conduit donc pas à l’essence immuable mais à une définition lexicale. Bien qu’elle ait fourni pendant des siècles une procédure pour tenter de définir les êtres vivants par une analyse minutieuse, elle a négligé la variation des êtres vivants. Il est intéressant de noter que les rares personnes qui ont compris l’Origine des espèces de Charles Darwin au milieu du XIXe siècle étaient des empiristes qui ne croyaient pas à une essence de chaque forme.
Aristote et son élève en botanique, Théophraste, n’ont pas eu de successeurs notables pendant 1 400 ans. Vers le XIIe siècle de notre ère, les ouvrages de botanique nécessaires à la médecine ont commencé à contenir des illustrations précises des plantes, et quelques-uns ont commencé à classer ensemble les plantes similaires. Les encyclopédistes ont également commencé à rassembler la sagesse classique et certaines observations contemporaines. La première floraison de la Renaissance en biologie a produit, en 1543, le traité d’anatomie humaine d’Andreas Vesalius et, en 1545, le premier jardin botanique universitaire, fondé à Padoue, en Italie. Après cette période, les travaux en botanique et en zoologie se sont multipliés. John Ray a résumé à la fin du 17e siècle les connaissances systématiques disponibles, avec des classifications utiles. Il a distingué les plantes monocotylédones des dicotylédones en 1703, reconnu les véritables affinités des baleines et donné une définition pratique du concept d’espèce, qui était déjà devenu l’unité de base de la classification biologique. Il a tempéré la logique aristotélicienne de la classification par l’observation empirique.