Test RT-PCR

Dernière mise à jour : 18 novembre 2020

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Ce qui suit est une revue curative des informations et de la littérature clés sur ce sujet. Elle n’est pas exhaustive de toutes les données relatives à ce sujet.

Aperçu

Les virus qui sont principalement acquis par voie respiratoire, comme le SRAS-CoV-2, sont généralement diagnostiqués par la détection directe des composants viraux dans les échantillons respiratoires. Les deux outils les plus fréquemment utilisés pour ce faire sont les tests d’amplification des acides nucléiques par réaction en chaîne par polymérase (PCR) ou les tests basés sur les antigènes.

Lorsque la pandémie de COVID-19 a débuté, les tests de PCR par transcriptase inverse (RT-PCR) ont été les premiers à être développés et largement déployés (Corman et al., janvier 2020), et restent le principal outil utilisé pour le diagnostic. Les tests antigéniques sont également utilisés et développés, mais ils ne sont pas encore largement disponibles et leur fiabilité est actuellement variable. Pour plus de détails sur les tests antigéniques et rapides, veuillez consulter la section sur les tests rapides.

La RT-PCR du SRAS-CoV-2 détecte l’ARN viral ; un résultat positif est hautement spécifique de la présence du virus. La sensibilité de ces tests n’est pas uniforme et est affectée non seulement par le test lui-même, mais aussi par la limite de détection, l’inoculum viral, le moment du test et le site de prélèvement des échantillons. Les tests de détection virale directe peuvent être basés sur plusieurs cibles génétiques et varient en termes de sensibilité et de spécificité (FIND, juillet 2020).

Nous nous concentrons ici sur la littérature relative à la sensibilité des tests RT-PCR SRAS-CoV-2, y compris la dynamique virale, les effets du moment du test par rapport à l’apparition des symptômes, les sites de prélèvement et les implications d’une positivité persistante. Pour une analyse plus détaillée de sujets supplémentaires concernant les tests PCR viraux, veuillez consulter les lignes directrices de l’IDSA sur le diagnostic du COVID-19.

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Lignes directrices

Les lignes directrices de l’IDSA recommandent le test d’acide nucléique (TAAN, également appelé RT-PCR dans cette revue) pour toutes les personnes symptomatiques suspectées d’être atteintes du COVID-19 ; pour les individus asymptomatiques ayant un contact connu ou suspecté avec un cas de COVID-19 ; et pour les individus asymptomatiques lorsque les résultats auront un impact sur les décisions d’isolement/quarantaine/équipement de protection individuelle, dicteront l’éligibilité à la chirurgie ou informeront l’administration d’un traitement immunosuppresseur.

• L’IDSA recommande le test RT-PCR du SRAS-CoV-2 chez les personnes symptomatiques, même lorsque la suspicion clinique est faible.
• L’AIDS recommande le test RT-PCR du SRAS-CoV-2 chez les personnes asymptomatiques dont on sait ou dont on soupçonne qu’elles ont été exposées au COVID-19.
• L’AIDS suggère de répéter le test d’ARN viral lorsque le test initial est négatif chez les personnes symptomatiques dont la suspicion clinique est intermédiaire ou élevée.
• IDSA recommande le prélèvement dans le nasopharynx ou le site mi-turbin plutôt que dans l’oropharynx ou la salive uniquement.

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Littérature clé

En résumé : globalement, le test RT-PCR est le pilier du diagnostic du COVID-19, en raison de sa sensibilité, de sa spécificité et de sa faisabilité par rapport à la culture virale. Le moment du test PCR par rapport aux symptômes, la limite de détection du test et l’emplacement du site de collecte des échantillons doivent être pris en compte. Les nouvelles innovations à venir en matière de RT-PCR s’articulent principalement autour des thèmes de la facilité de traitement, de l’accélération des délais d’exécution et de la réduction de l’utilisation de matériel.

Durée de l’infectiosité et corrélation avec les valeurs seuils des cycles de RT-PCR dans les cas de COVID-19 (Singanayagam, août 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude rétrospective d’échantillons prélevés à des fins de surveillance nationale, la charge virale du SRAS-CoV-2 dans les voies respiratoires supérieures a atteint un pic autour du moment de l’apparition des symptômes. La capacité à cultiver le virus SARS-CoV-2 chez les patients atteints d’une maladie légère ou modérée a été la plus élevée au cours de la première semaine et a diminué de manière significative au dixième jour après l’apparition des symptômes. Les valeurs de seuil de cycle RT-PCR étaient fortement corrélées avec le virus cultivable.

Population étudiée :

• 754 échantillons des voies respiratoires supérieures (VRS) provenant de 425 personnes présentant des symptômes de COVID-19 testés au laboratoire national de référence des virus respiratoires de Public Health England entre janvier et avril 2020.
• Les échantillons comprenaient des écouvillons de nez, de gorge, des écouvillons combinés de nez et de gorge et de nasopharynx, ou des aspirations nasopharyngées.
• La culture virale a été tentée sur 253 cas ; 233 cas (92%) ont été classés comme non sévères (asymptomatiques ou légers à modérés) et 20 (8%) ont eu une maladie sévère.

Primaire :

• Déterminer la durée de l’infectiosité et déterminer si la détection par RT-PCR est liée au virus cultivable.

Résultats clés :

• Dans la première semaine après l’apparition des symptômes (jours -2 à 7), le seuil de cycle (Ct) moyen était de 28,18 (IC 95 % : 27,76-28,61) ; dans la deuxième semaine, le Ct était de 30,65 (IC 95 % : 29,82-31,52). Après 14 jours, la moyenne géométrique (MG) de Ct était de 31,60 (IC 95 % : 31,60-34,49).
• Il n’y avait pas de différence dans les valeurs de Ct entre les personnes atteintes d’une maladie légère à modérée et celles atteintes d’une maladie grave (p = 0,79).
• Il n’y avait pas de différence dans la positivité de la culture entre les cas symptomatiques et asymptomatiques (OR = 0,66 ; IC 95 % : 0.34-1,31).
• La probabilité estimée de récupération du virus à partir d’échantillons avec Ct > 35 était de 8,3 % (IC 95 % : 2,8 %-18,4 %).
• Il y avait 246 échantillons provenant de 176 cas symptomatiques pour lesquels la date d’apparition des symptômes était connue : parmi ceux-ci, 103 (42 %) provenant de 81 cas étaient positifs à la culture.
  • Le taux de positivité de la culture était significativement plus élevé au cours de la semaine 1 que de la semaine 2 (74% vs 20% ; p = 0,002).
  • Dix jours après l’apparition des symptômes, la probabilité de cultiver le virus a diminué à 6,0% (IC 95% : 0,9-31,2%)
  • Après le 12e jour, le virus n’a pas été cultivé.

Limitations:

• La mémoire des patients a été utilisée pour déterminer l’apparition des symptômes ; un biais de rappel est possible.
• La durée et la cessation des symptômes n’ont pas été bien enregistrées.
• La plupart des cas dans lesquels la culture a été tentée étaient légers-modérés ; cela peut limiter la généralisation des résultats à la maladie grave.
• Pour les cas asymptomatiques, le moment de l’acquisition de l’infection n’était pas connu.
• Les sujets n’ont pas été échantillonnés systématiquement, ce qui aurait pu entraîner un biais dans le moment de l’échantillonnage lié au scénario clinique.

Détection salivaire du COVID-19 (Caulley, août 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude prospective, le test salivaire avec une RT-PCR du SRAS-CoV-2 était moins sensible que le test par écouvillon nasopharyngé ou oropharyngé.

Population étudiée:

• Personnes symptomatiques à haut risque et personnes présentant des symptômes légers évocateurs de COVID-19 dans un centre de dépistage au Canada (n=1939 échantillons appariés d’écouvillons nasopharyngés ou oropharyngés, et de salive).

Primaire :

• Déterminer le taux de détection du SRAS-CoV-2 à l’aide d’un échantillon de salive par rapport au test standard sur écouvillon.

Résultats clés :

• Le SRAS-CoV-2 a été détecté dans 70 échantillons – 80,0 % avec les écouvillons et 68,6 % avec la salive.
• 34 patients (48,6 %) ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 à la fois sur les échantillons d’écouvillons et de salive.
• 22 patients (31,4 %) ont été testés positifs avec l’écouvillon seul et 14 (20 %) ont été testés positifs avec la salive seule.

Limitations:

• Les échantillons d’écouvillon et de salive ont été répartis entre 2 laboratoires, ce qui peut avoir entraîné un biais de déclaration.
• La taille de l’échantillon de patients atteints de COVID-19 était faible (n=34 patients).

Echantillons prospectifs de salive ou de prélèvement nasopharyngé pour la détection du SRAS-CoV-2 (Wyllie, août 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude prospective, l’échantillon de salive était associé à une sensibilité similaire à celle de l’écouvillon nasopharyngé pour la détection de l’ARN du SRAS-CoV-2.

Population étudiée:

• 70 patients hospitalisés présentant un COVID-19, confirmé par un échantillon positif d’écouvillon nasopharyngé.
• Après le diagnostic, les patients ont également fourni des échantillons de salive.

Principal critère d’évaluation:

• Evaluer comment la salive se compare aux échantillons par écouvillonnage nasopharyngé en ce qui concerne la sensibilité de la détection du SRAS-CoV-2 au cours de l’infection.

Résultats clés :

• On a trouvé plus de copies d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de salive (nombre moyen de copies log par millilitre, 5,58 ; IC 95 %, 5,09-6,07) que dans les écouvillons nasopharyngés (nombre moyen de copies log par millilitre, 4,93 ; IC 95 %, 4,53-5,33).
• De 1 à 5 jours après le diagnostic, 81 % (IC 95 %, 71-96) des échantillons de salive étaient positifs, contre 71 % (IC 95 %, 67-94) des échantillons d’écouvillons nasopharyngés.
• On a observé une moindre variation des niveaux d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de salive (écart type, 0,98 copies d’ARN viral par millilitre ; intervalle crédible à 95 %, 0.08 à 1,98) que dans les échantillons d’écouvillon nasopharyngé (écart type, 2,01 copies d’ARN viral par millilitre ; intervalle crédible à 95 %, 1,29 à 2,70).

Limitations :

• Petite taille de l’échantillon de personnes ayant eu une confirmation de COVID-19.
• Etude monocentrique.
• Il semble que 100 % des patients ayant des écouvillons nasopharyngés positifs avaient également des échantillons de salive positifs, mais cela n’est pas clairement indiqué dans le manuscrit ; si cela est exact, il s’agirait d’une meilleure performance que d’autres articles étudiant la sensibilité du test salivaire du SRAS-CoV-2.

Évaluation prospective de la salive comme échantillon non invasif pour la détection du SRAS-CoV-2 (Williams, juillet 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude prospective évaluant la faisabilité des échantillons de salive, une majorité de patients ayant des écouvillons nasopharyngés positifs pour le SRAS-CoV-2 avaient également des échantillons de salive positifs, mais la sensibilité de ce dernier test était plus faible. Des charges virales plus élevées ont été notées avec les écouvillons nasopharyngés.

Population étudiée :

• 622 patients d’une clinique de dépistage COVID-19 en Australie avec des RT-PCR nasopharyngées positives pour le SRAS-CoV-2.
• 522 (83,9 %) ont également fourni des échantillons de salive.

Primaire :

• Évaluer la faisabilité des échantillons de salive par rapport aux écouvillons nasopharyngés dans la détection du SRAS-CoV-2.

Résultats clés:

• 39/622 (6,3% ; IC 95%, 4,6-8,5%) patients avaient des écouvillons nasopharyngés positifs à la PCR ; parmi eux, 33/39 patients (84,6% ; IC 95%, 70,0-93.1 %) avaient un SRAS-CoV-2 détecté dans la salive.
• Le seuil de cycle médian (CT) était significativement plus faible dans les NPS par rapport à la salive, ce qui suggère des charges virales plus élevées dans le nasopharynx.
• Dans les échantillons nasopharyngés et salivaires, il y avait une corrélation entre la valeur du CT et le nombre de jours depuis l’apparition des symptômes.

Limitations:

• Petite taille de l’échantillon de patients avec des écouvillons nasopharyngés positifs (n=39).
• Aucune information n’a été fournie considérée les caractéristiques de base et les symptômes des patients ; la gravité du COVID-19 n’a pas été signalée.

Variation du taux de faux négatifs des tests de SRAS-CoV-2 basés sur la transcriptase inverse et l’amplification en chaîne par polymérase en fonction du temps écoulé depuis l’exposition (Kucirka, mai 2020).

Dans l’ensemble, dans cette analyse groupée, les faux négatifs de la RT-PCR étaient les moins fréquents 3 jours après l’apparition des symptômes. Le taux de RT-PCR faussement négatifs était le plus élevé le jour de l’infection, étaient les plus bas 8 jours après l’infection, puis ont commencé à augmenter à nouveau.

Population étudiée:

• Analyse groupée d’un mélange de patients hospitalisés et de patients ambulatoires atteints d’une infection par le SRAS-CoV-2 dans 7 études sur la performance de la RT-PCR dans les voies respiratoires supérieures en fonction du temps écoulé depuis l’apparition des symptômes ou l’exposition (n = 1330 échantillons respiratoires).

Résultat primaire:

• Estimation des taux de faux négatifs par jour depuis l’infection.

Résultats clés:

• Sur les 4 jours entre l’infection (jour 1) et le moment typique de l’apparition des symptômes (jour 5), la probabilité d’un résultat faux négatif chez une personne infectée a diminué de 100% le jour 1 (IC 95%, 100%-100%) à 67% (IC, 27% – 94%) le jour 4.
• Le jour de l’apparition des symptômes (jour 5), le taux médian de faux négatifs était de 38% (IC, 18% à 65%).
• Le jour 8, le taux médian de faux négatifs a diminué à 20% (IC, 12%- 30%), puis a recommencé à augmenter (21% le jour 9).
• Au jour 21, le taux médian de faux négatifs était de 66% (IC, 54% -77%).

Limitations:

• Analyse basée sur des études hétérogènes.
• Les auteurs ont supposé que la date de l’infection était de 5 jours avant le début des symptômes ; il est possible que cette estimation soit inexacte pour certains patients.
• Les techniques de collecte des échantillons varient selon les études.
• Il n’a pas été possible de séparer les taux de faux négatifs par type d’échantillon (oropharyngé vs. nasopharyngé) ; cela peut avoir des proportions de faux négatifs différentes.

Prédire le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère infectieux à partir d’échantillons diagnostiques (Bullard, mai 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude transversale rétrospective, la capacité à cultiver le SRAS-CoV-2 à un Ct > 24 ou à la durée des symptômes > 8 jours peut être faible. Les auteurs supposent que la culture est un substitut adéquat de l’infectivité ; bien que cette hypothèse soit raisonnable, elle n’a pas été prouvée.

Population étudiée :

• Étude transversale rétrospective de 90 patients atteints de COVID-19 au Canada.
• Des échantillons nasopharyngés et endotrachéaux obtenus chez des personnes testées entre 0 et 21 jours après l’apparition des symptômes et incubés sur des cellules Vero.

Primaire :

• La relation entre les valeurs de seuil de cycle (Ct) de la RT-PCR du SRAS-CoV-2 provenant des échantillons respiratoires, l’apparition des symptômes jusqu’au test (STT) et l’infectivité en culture cellulaire.

Résultats clés :

• Vingt-six échantillons (28,9 %) ont démontré une croissance virale.
• Aucune croissance n’a été observée dans les échantillons ayant un Ct > 24 ou un STT de > 8 jours.
• Le Ct s’est avéré statistiquement associé à une culture positive (OR 0.64 ) ; pour chaque augmentation d’une unité de la valeur de Ct, les chances d’infectivité diminuaient de 32 %.
• Le TST était associé à une culture positive (OR 0.63 ) ; pour chaque augmentation d’une unité de la valeur STT, le rapport de chances d’être positif à la culture a diminué de 37%
• Le pic de probabilité d’une culture positive était le jour 3 STT et diminuait ensuite.

Limitations:

• La taille de l’échantillon est relativement petite ; on ne sait pas exactement combien d’échantillons étaient disponibles par jour.
• Aucun patient n’était asymptomatique ; ces résultats peuvent ne pas être généralisables à cette population.
• La mémoire du patient a été utilisée pour déterminer le début des symptômes ; un biais de rappel est possible.

L’échantillon de salive comme spécimen non invasif pour le diagnostic de la maladie à coronavirus 2019 : une étude transversale (Pasomsub, mai 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude transversale, l’échantillon de salive était associé à une forte concordance de la positivité de la RT-PCR du SRAS-CoV-2 par rapport aux écouvillons nasopharyngés et de la gorge ; cependant, la petite taille de l’échantillon et l’inclusion des seuls patients symptomatiques limitent la généralisation des résultats.

Population étudiée:

• 200 individus sous investigation qui ont fréquenté une clinique d’infection respiratoire aiguë en Thaïlande.
• Les individus ont été inclus s’ils avaient des antécédents de voyage à partir d’une zone endémique de COVID-19 dans les 14 jours ou s’ils avaient des antécédents de contact avec un individu dont il a été confirmé qu’il avait ou était suspecté d’avoir COVID-19.
• Les individus ont fourni des écouvillons nasopharyngés, des écouvillons de gorge et des échantillons de salive

Primaire :

• Déterminer la faisabilité des échantillons de salive pour détecter le SRAS-CoV-2.

Résultats clés:

• Parmi les 19 patients diagnostiqués avec le COVID-19 par RT-PCR sur écouvillon nasopharyngé et gorge, la médiane (IQR) de l’apparition des symptômes avant le test était de 3 (2-11) jours.
• En utilisant la RT-PCR de l’écouvillon nasopharyngé et de la gorge comme norme de référence, la prévalence de COVID-19 diagnostiquée par RT-PCR de l’écouvillon nasopharyngé et de la gorge était de 9,5 % (19/200), contre 9 % (18/200) avec la salive.
• La sensibilité et la spécificité des échantillons de salive étaient de 84,2 % (IC 95 % 60,4-96,6 %), et 98,9 % (IC 95 % 96,1-99.9%), respectivement.
• La valeur prédictive positive et la valeur prédictive négative étaient de 88,9% (IC 95% 65,3%-98,6%), et 98,4% (IC 95% 95,3%-99,7%).
• Une analyse de la concordance entre le nasopharynx et la gorge par rapport à la salive a montré une concordance observée de 97,5% (coefficient κ 0,851 ; p < 0,001).

Limitations:

• Seuls les patients présentant des symptômes respiratoires ont été recrutés ; par conséquent, ces résultats ne peuvent pas être appliqués aux patients asymptomatiques.
• Petite taille de l’échantillon (n=19).

Évaluation virologique des patients hospitalisés avec COVID-19 (Wölfel, avril 2020).

Dans l’ensemble, dans cette petite étude de patients atteints de COVID-19 léger, le pic de charge virale par RT-PCR a été observé tôt après l’apparition des symptômes (dans les 4 jours) et le virus viable n’a pas été cultivé au-delà du 8e jour.

Population étudiée:

• 9 patients hospitalisés avec un COVID-19 léger provenant d’un cluster épidémiologique en Allemagne.
• Tous les patients ont été initialement diagnostiqués par RT-PCR à partir d’échantillons d’écouvillons oro- ou nasopharyngés.

Primaire :

• La charge virale chez les patients atteints de COVID-19.

Résultats clés :

• La charge virale moyenne par RT-PCR était de 6.76 × 105 copies par écouvillon entier jusqu’au jour 5 ; la charge virale a atteint un pic le jour 4, avec 7,11 × 108 copies d’ARN par écouvillon de gorge.
• Les échantillons prélevés après le jour 5 avaient une charge virale moyenne de 3,44 × 105 copies par écouvillon.
• Le SRAS-CoV-2 a pu être cultivé pendant la première semaine des symptômes dans 16,66 % des écouvillons et 83,33 % des échantillons d’expectoration.
• Bien que l’ARN viral ait été détecté par RT-PCR jusqu’à 28 jours après l’apparition des symptômes, le virus viable n’a pas pu être cultivé après 8 jours.
• Une fois que la RT-PCR a chuté en dessous de 106 copies/mL, le virus n’est plus cultivable.
• La séroconversion chez 50 % des patients s’est produite au 7e jour, et chez tous les patients au 14e jour, mais cela n’a pas été corrélé avec une baisse rapide de la charge virale.

Limitations :

• Petite taille de l’échantillon.
• Tous les patients avaient un COVID-19 léger, ce qui peut limiter la généralisation des résultats aux patients atteints d’une maladie modérément sévère.

Infections présymptomatiques du SRAS-CoV-2 et transmission dans un établissement de soins infirmiers spécialisés (Kimball, avril 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude prospective de prévalence ponctuelle de résidents d’établissements de soins infirmiers spécialisés, les patients présymptomatiques présentaient des charges virales élevées par RT-PCR.

Population étudiée :

• 76 résidents d’un établissement de soins infirmiers qualifiés (48 positifs pour le COVID-19).
• Les résidents ont été classés comme symptomatiques s’ils avaient eu au moins un symptôme nouveau ou aggravé, typique ou atypique, du COVID-19 au cours des 14 jours précédents.
• Les résidents asymptomatiques étaient ceux qui n’avaient aucun symptôme ou seulement des symptômes chroniques stables (ex, toux chronique sans aggravation).
• Les résidents présymptomatiques étaient ceux qui étaient asymptomatiques au moment du test mais qui ont développé des symptômes dans les 7 jours suivant le test.

Primaire :

• Transmission du SRAS-CoV-2 et adéquation du dépistage basé sur les symptômes pour identifier les infections chez les résidents.

Résultats clés :

• 27 des 48 résidents (56 %) étaient asymptomatiques au moment du dépistage ; parmi ces patients, 24 (88,9 %) ont développé des symptômes.
• Les échantillons provenant de ces 24 résidents présymptomatiques avaient une valeur médiane de seuil de cycle rRT-PCR de 23,1, indiquant une charge virale élevée
• Un virus viable a été mis en culture chez 17 résidents.

Limitations:

• Cette analyse a été menée chez des résidents de soins infirmiers qualifiés, ce qui peut limiter la généralisation des résultats.
• La vérification des symptômes dans la population était difficile, ce qui aurait pu entraîner une classification erronée des patients.

Dynamique temporelle de l’excrétion virale et de la transmissibilité du COVID-19 (He, avril 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude prospective, la charge virale des patients atteints de COVID-19 était la plus élevée au moment de l’apparition des symptômes.

Population étudiée :

• 94 patients hospitalisés atteints de COVID-19 en Chine.
• 66% étaient modérément malades ; aucun n’a été classé comme « sévère » ou « critique » lors de l’admission à l’hôpital.
• 414 écouvillons de gorge ont été recueillis, depuis l’apparition des symptômes jusqu’à 32 jours après l’apparition des symptômes.
• Modélisation des profils d’infectiosité du COVID-19 à partir d’un échantillon distinct de 77 paires de transmission infecteur-infecte.

Primaire :

• Modèles temporels d’excrétion virale.

Résultats clés :

• Des charges virales élevées ont été détectées peu après l’apparition des symptômes, puis ont progressivement diminué vers la limite de détection vers le 21e jour.
• Il n’y avait pas de différence dans les charges virales selon le sexe, les groupes d’âge et la gravité de la maladie.
• Sur la base de la modélisation des profils d’infectiosité COVID-19, 44% des cas secondaires ont été infectés pendant la phase présymptomatique des cas index (IC 95% 30-57%).

Limitations:

• La mémoire du patient a été utilisée pour déterminer le début des symptômes ; un biais de rappel est possible.
• La plupart des patients avaient un COVID-19 modéré, ce qui peut limiter la généralisation de ces résultats aux patients atteints d’une maladie grave.

Dynamique de la charge virale et gravité de la maladie chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2 dans la province de Zhejiang, en Chine, de janvier à mars 2020 : A retrospective cohort study (Zheng, avril 2020).

Dans l’ensemble, dans cette étude de cohorte rétrospective, la durée médiane des tests RT-PCR positifs dans les échantillons respiratoires était de 21 jours chez les patients atteints de maladie grave et de 14 jours chez les patients atteints de maladie légère. La durée de la positivité du SRAS-CoV-2 par RT-PCR était significativement plus longue dans les échantillons de selles que dans les échantillons respiratoires et sériques.

Population étudiée:

• Étude rétrospective de 96 patients hospitalisés avec COVID-19 en Chine ; 22 avec une maladie légère et 74 avec une maladie sévère.
• 3497 échantillons respiratoires, de selles, de sérum et d’urine ont été collectés.

Primaire :

• La charge virale par RT-PCR à différents stades de la maladie COVID-19.

Résultats clés :

• L’ARN a été détecté dans les selles de 55 patients (59%) et dans le sérum de 39 patients (41%).
• La durée moyenne du virus dans les selles (22 jours, IQR 17-31 jours) était significativement plus longue que dans les échantillons respiratoires (18 jours, IQR 13-29 jours ; P=0.02) et des échantillons de sérum (16 jours, IQR 11-21 jours ; P<0,001).
• La durée médiane du virus dans les échantillons respiratoires des patients atteints d’une maladie grave (21 jours, IQR 14-30 jours) était significativement plus longue que chez les patients atteints d’une maladie légère (14 jours, IQR 10-21 jours ; P=0,04).
• Chez les patients atteints d’une maladie légère, les charges virales ont atteint un pic dans les échantillons respiratoires au cours de la deuxième semaine à compter du début de la maladie ; chez les patients atteints d’une maladie grave, la charge virale a continué à être élevée au cours de la troisième semaine de la maladie.

Limitations :

• Etude monocentrique.
• Les données ont été recueillies rétrospectivement, ce qui a pu permettre une confusion.
• Un petit nombre de patients de l’échantillon (22) n’avaient qu’une maladie légère.

Évaluation prospective de la charge virale du SRAS-CoV-2 dans les échantillons respiratoires supérieurs des patients infectés (Zou, mars 2020).

Dans l’ensemble, dans cette petite étude prospective de patients atteints de COVID-19, des charges virales élevées étaient présentes tôt après l’apparition des symptômes, par rapport à plus tard.

Population étudiée :

• 18 patients au sein de 2 grappes familiales avec COVID-19 de Chine – 1 personne était asymptomatique, tandis que 13 avaient une pneumonie au CT.
• 72 écouvillons de gorge et 72 écouvillons nasaux ont été collectés.

Primaire :

• Mesures de la charge virale par RT-PCR.

Résultats clés :

• Les charges virales étaient plus élevées peu après l’apparition des symptômes que plus tard.
• Des charges virales plus élevées ont été détectées dans le nez par rapport à la gorge des patients.
• Le schéma d’excrétion virale ressemblait à celui de la grippe plutôt qu’à celui du SRAS-CoV-2.
• La charge virale du patient asymptomatique était similaire à celle des patients symptomatiques.

Limitations:

• Petite taille de l’échantillon.
• Les patients faisaient partie du même groupe familial ; l’inoculum viral peut avoir été plus élevé dans ce groupe que chez les patients infectés en dehors du foyer.

Évaluation rétrospective de la détection du SRAS-CoV-2 par RT-PCR dans différents types d’échantillons cliniques (Wang, mars 2020).

Dans l’ensemble, dans cette évaluation rétrospective de la RT-PCR du SRAS-CoV-2 à partir de différents sites, les échantillons des voies respiratoires inférieures présentaient des taux de positivité plus élevés que les échantillons des voies respiratoires supérieures. Les charges virales étaient plus élevées dans les narines.

Population étudiée:

• 1070 échantillons de SRAS-CoV-2 provenant de différents sites chez 205 patients hospitalisés avec COVID-19, dont 19% présentaient une maladie grave.
• Les écouvillons pharyngés RT-PCR ont été prélevés chez la plupart des patients 1 à 3 jours après leur admission à l’hôpital.
• Des échantillons de sang, d’expectorations, de selles, d’urine et de RT-PCR nasale ont été prélevés tout au long de l’hospitalisation.
• Le liquide de lavage bronchoalvéolaire et la biopsie à la brosse du fibrobronchoscope ont été prélevés chez les patients atteints d’une maladie grave ou sous ventilation mécanique.

Primaire :

• Déterminer la biodistribution du SRAS-CoV-2 dans différents tissus.

Résultats clés :

• Les échantillons de liquide de lavage bronchoalvéolaire ont présenté les taux de positivité les plus élevés (14/15 ; 93 %), suivis des expectorations (72/104 ; 72 %), des écouvillons nasaux (5/8 ; 63 %), de la biopsie par brosse de fibrobronchoscope (6/13 ; 46 %), des écouvillons pharyngés (126/398 ; 32 %), des matières fécales (44/153 ; 29 %) et du sang (3/307 ; 1 %).
• Les écouvillons nasaux avaient un seuil de cycle moyen plus élevé que les autres sites (24,3, vs 30 ), ce qui indique des charges virales plus élevées dans les narines.

Limitations :

• Certains patients n’avaient pas d’informations cliniques détaillées disponibles, ce qui limite la corrélation des données avec les symptômes ou l’évolution de la maladie.
• La taille de l’échantillon était faible à partir de certaines zones tissulaires.
• Le moment de l’échantillonnage différait entre les sites, et les résultats peuvent donc ne pas être directement comparables.
• L’échantillonnage des voies respiratoires inférieures n’a eu lieu que chez les patients atteints d’une maladie grave ; les résultats pour ces patients peuvent ne pas être directement comparables à ceux des patients atteints d’une maladie légère-modérée.

Littérature supplémentaire

Évaluation de la précision de différents échantillons respiratoires dans le diagnostic de laboratoire et le suivi de l’excrétion virale des infections à 2019-nCoV (Yang, février 2020). 213 patients hospitalisés avec le COVID-19 en Chine ont fourni 866 échantillons respiratoires cliniques, y compris des écouvillons nasaux et de gorge, des expectorations et du liquide de lavage broncho-alvéolaire. Les échantillons d’expectoration étaient les plus susceptibles d’être positifs par RT-PCR, quelle que soit la gravité clinique de la maladie.

Profil de détection du SRAS-CoV-2 par RT-PCR dans différents types d’échantillons cliniques : Une revue systématique et une méta-analyse (Bwire, juillet 2020). 8136 échantillons cliniques regroupés ont été analysés pour détecter le SRAS-CoV-2 ; la plupart étaient des écouvillons nasopharyngés (69,6 %). Les spécimens des voies respiratoires inférieures avaient un taux de positivité de 71,3 % ; le liquide de lavage broncho-alvéolaire avait un taux de positivité de 91,8 % ; les expectorations avaient un taux de positivité de 68,1 % ; et les écouvillons nasopharyngés avaient un taux de positivité de 45,5 %.

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