Un grupo de políticos y militares dominicanos había expresado su interés en unificar toda la isla, mientras buscaban la estabilidad política y el apoyo de Haití, que en ese momento todavía se consideraba que tenía una gran riqueza y poder. Haití había sido, con mucho, la colonia más rica del hemisferio occidental y era conocida como la Perla de las Antillas.
El presidente de Haití, Jean Pierre Boyer, prometió su total protección y apoyo a los gobernadores de la frontera, y así entró ceremoniosamente en el país con unos 10.000 soldados en febrero de 1822, después de que la mayoría de las ciudades y pueblos proclamaran su lealtad a la República de Haití entre noviembre de 1821 y enero de 1822, incluyendo Puerto Plata (13 de diciembre de 1821) y Santiago (29 de diciembre de 1821). El 9 de febrero de 1822, Boyer entró formalmente en la capital, Santo Domingo, donde fue recibido con entusiasmo por Núñez, quien le ofreció las llaves del Palacio. Boyer rechazó la oferta, mientras decía «No he entrado en esta ciudad como conquistador, sino por voluntad de sus habitantes». La isla quedó así unida desde «el Cabo Tiburón hasta el Cabo Samaná en posesión de un solo gobierno»
Con el tiempo, el gobierno haitiano se hizo extremadamente impopular en todo el país. La población dominicana se impacientaba cada vez más con la mala gestión de Haití y su percibida incompetencia, así como con los fuertes impuestos que se imponían por su parte. El país sufrió una grave crisis económica tras verse obligado a pagar una enorme indemnización a Francia. Haití acumuló una deuda para pagar su propia independencia de la nación europea, lo que daría lugar a numerosos complots antihaitianos.
Resistencia
Una asamblea de los Trinitarios
En 1838 Juan Pablo Duarte, un nacionalista culto, fundó un movimiento de resistencia llamado La Trinitaria junto a Ramón Matías Mella y Francisco del Rosario Sánchez. Se llamó así porque sus nueve miembros originales se habían organizado en células de tres. Las células siguieron reclutando como organizaciones separadas, manteniendo un estricto secreto, con poco o ningún contacto directo entre ellas, para minimizar la posibilidad de ser detectadas por las autoridades haitianas. Rápidamente llegaron muchos reclutas al grupo, pero éste fue descubierto y se vio obligado a cambiar su nombre por el de La Filantrópica.
En 1843 la revolución dio un gran paso: colaboraron con un partido liberal haitiano que derrocó al presidente Jean-Pierre Boyer. Sin embargo, la labor de los Trinitarios en el derrocamiento llamó la atención del sustituto de Boyer, Charles Rivière-Hérard. Rivière-Hérard encarceló a algunos trinitarios y obligó a Duarte a abandonar la isla. Mientras estaba fuera, Duarte buscó apoyo en Colombia y Venezuela, pero no tuvo éxito.
En diciembre de 1843 los rebeldes le dijeron a Duarte que regresara ya que tenían que actuar rápidamente porque temían que los haitianos se hubieran enterado de sus planes de insurrección. Cuando Duarte no había regresado para febrero, debido a una enfermedad, los rebeldes decidieron actuar de todas formas con el liderazgo de Francisco del Rosario Sánchez, Ramón Matías Mella y Pedro Santana, un rico ganadero de El Seibo que comandaba un ejército privado de peones que trabajaban en sus fincas.