Mayflower II, réplica del Mayflower original, Plymouth, Mass.
Cortesía de MOTT
El puritanismo fue perseguido en Inglaterra porque buscaba la reforma eclesiástica dentro de la estructura de la Iglesia de Inglaterra (en lugar de la desvinculación de los separatistas de la misma). No eran defensores de la tolerancia religiosa, como descubrieron otros grupos protestantes y pensadores radicales. Muchos con opiniones religiosas diferentes -incluidos Roger Williams de Salem y Anne Hutchinson de Boston, así como cuáqueros y anabaptistas no arrepentidos- fueron desterrados, y algunos fueron ejecutados. La Colonia de la Bahía de Massachusetts se expandió rápidamente. A mediados de la década de 1640 contaba con más de 20.000 personas y empezó a absorber asentamientos en Maine y New Hampshire. El gobierno de la colonia se basaba en una interpretación providencial de la carta real concedida por el rey Carlos I, que fue transferida al nuevo asentamiento por su gobernador, John Winthrop. La exhortación de Winthrop, «Porque debemos considerar que seremos como una ciudad sobre una colina, los miedos de todos los pueblos están sobre nosotros», subraya la fuerza de convicción de la misión puritana.
Los puritanos establecieron esencialmente una teocracia, con estrechos vínculos entre el gobierno y el clero. Los líderes se sentían cómodos no sólo en el establecimiento de patrones de gobierno mediante la interpretación de los estatutos de la colonia, sino también en la interpretación de la voluntad de Dios para el pueblo. Sin embargo, el acuerdo no cumplió su propósito. Cuando en 1634 Winthrop se negó a convocar una reunión de la Corte General, los hombres libres exigieron ver la carta. Éste accedió, divulgando su infracción de los derechos de la legislatura, y rápidamente se aprobó un proyecto de ley que confería el poder gubernamental a los hombres libres.
El gobierno puritano funcionaba a menudo como un estado independiente, hasta el punto de acuñar su propia moneda e incluso dirigir sus propios asuntos exteriores. Gran Bretaña, después de descuidar la colonia durante muchos años, revocó la carta de la compañía y en 1691 creó una colonia real que unía Massachusetts con las antiguas colonias de Plymouth y Maine y las islas de Nantucket y Martha’s Vineyard. En este nuevo Massachusetts, el derecho de voto sólo se concedía a quienes tenían propiedades o pagaban impuestos. La continua falta de interferencia de Gran Bretaña permitió a los colonos adquirir una tradición de autosuficiencia y autogobierno. Maine siguió formando parte de Massachusetts hasta 1820, cuando se estableció como un estado separado.
Los colonos temían a los nativos americanos de Massachusetts, supuestamente hostiles, pero hasta 1675 prevaleció una relativa paz gracias a un pacto con Massasoit, jefe del pueblo Wampanoag. Este acuerdo fue terminado por Metacom (conocido por los ingleses como Rey Felipe), hijo de Massasoit. Su guerra abierta, la Guerra del Rey Felipe (1675-76), terminó con su propia muerte, pero sólo después de haber matado a cientos de colonos y asaltado unos 50 pueblos en el sureste y centro de Massachusetts. Las repetidas expediciones contra los nativos americanos fueron habituales en el siglo XVIII, ya que los hombres de Massachusetts se unieron a las tropas británicas para luchar contra los franceses y sus aliados indios.
La expansión comercial e industrial marcó el Massachusetts del siglo XVIII y dio lugar al rápido asentamiento de nuevas comunidades, muchas de ellas espoleadas por la especulación. Entre 1692 y 1765, se incorporaron 111 nuevas ciudades y distritos, mientras que la población aumentó a 222.563 habitantes.