Tuttavia, l’inbreeding comporta potenziali problemi. Il pool genetico limitato causato dal continuo inbreeding significa che i geni deleteri si diffondono e la razza perde vigore. I fornitori di animali da laboratorio dipendono da questo per creare ceppi uniformi di animali che sono immuno-depressi o allevati per un particolare disturbo, ad esempio l’epilessia. Tali animali sono così allevati da essere geneticamente identici (cloni!), una situazione che normalmente si vede solo nei gemelli identici. Allo stesso modo, una quantità controllata di inbreeding può essere usata per fissare tratti desiderabili nel bestiame d’allevamento, ad esempio la produzione di latte, i rapporti magro/grasso, il tasso di crescita, ecc.
Successo naturale dell’inbreeding
Questo non vuol dire che l’inbreeding non si verifica naturalmente. Un branco di lupi, che è isolato da altri branchi di lupi, per fattori geografici o altro, può diventare molto consanguineo. L’effetto dei geni deleteri diventa evidente nelle generazioni successive quando la maggior parte della prole eredita questi geni. Gli scienziati hanno scoperto che i lupi, anche se vivono in zone diverse, sono geneticamente molto simili. Probabilmente la desolazione del loro habitat naturale ha ridotto drasticamente il numero di lupi in passato, creando un collo di bottiglia genetico.
Nel lupo, la mancanza di diversità genetica lo rende suscettibile alle malattie poiché non ha la capacità di resistere a certi virus. L’estrema consanguineità influenza il loro successo riproduttivo con piccole cucciolate e alti tassi di mortalità. Alcuni scienziati sperano di poter sviluppare un pool genetico più vario introducendo lupi di altre zone nei branchi di lupi consanguinei.
Un altro animale che soffre gli effetti dell’inbreeding è il panda gigante. Come per il lupo, questo ha portato ad una scarsa fertilità tra i panda e ad alti tassi di mortalità infantile. Man mano che le popolazioni di panda diventano più isolate l’una dall’altra (a causa degli umani che bloccano i percorsi che i panda usavano una volta per spostarsi da una zona all’altra), i panda hanno maggiori difficoltà a trovare un compagno con un diverso mix di geni e si riproducono con meno successo.
Nei gatti l’isolamento naturale e l’inbreeding hanno dato origine a razze domestiche come il Manx che si è sviluppato su un’isola in modo che il gene dell’assenza di coda si sia diffuso nonostante i problemi ad esso associati. A parte il gatto strano che salta la nave sull’isola di Man, c’è stato poco outcrossing e l’effetto dell’inbreeding si riflette in cucciolate più piccole della media (i genetisti credono che più gattini Manx di quanto si pensasse in precedenza siano riassorbiti a causa di anomalie genetiche), nati morti e anomalie spinali che i diligenti allevatori hanno lavorato duramente per eliminare.
Alcune colonie ferali diventano altamente inbred a causa dell’isolamento da altri gatti (per esempio in una fattoria remota) o perché altri potenziali compagni nella zona sono stati sterilizzati, eliminandoli dal pool genetico. La maggior parte degli operatori che si occupano di gatti ferali hanno incontrato alcuni degli effetti dell’inbreeding. All’interno di queste colonie ci può essere un’occorrenza più alta della media di certi tratti. Alcuni non sono gravi, per esempio una predominanza di gatti con il disegno del calico. Altri tratti ereditari che possono essere trovati in numero superiore alla media nelle colonie consanguinee includono la polidattilia (il caso più estremo riportato finora è un gatto americano con nove dita su ogni piede), il nanismo (anche se le gatte nane possono avere problemi quando cercano di far nascere i cuccioli a causa delle dimensioni della testa), altre deformità strutturali o una predisposizione a certe condizioni ereditabili.
Il risultato finale dell’inbreeding continuo è la mancanza terminale di vigore e la probabile estinzione quando il pool genetico si contrae, la fertilità diminuisce, le anomalie aumentano e i tassi di mortalità aumentano.