San Juan Bautista è una ex missione spagnola a San Juan Bautista, California. Fu la 15ª delle 21 missioni della California. La missione prende il nome da Giovanni Battista, un profeta del tempo di Gesù Cristo. La missione San Juan Bautista è stata conosciuta come la Missione della Musica quasi dalla sua fondazione. La sua tradizione musicale risale all’inizio del 1800.
Missione San Juan Bautista fu fondata dal prete cattolico romano Fermín Francisco de Lasuén il 24 giugno 1797. I nativi americani della zona erano i Costanoan. Essi aiutarono ad allevare il bestiame, a costruire edifici e a coltivare colture come piselli, mais e grano.
Mission San Juan Bautista è molto vicina alla faglia di San Andreas (una zona attiva per i terremoti). Nel 1906 un potente terremoto distrusse gli edifici della missione e parte della chiesa. La chiesa è stata restaurata nel 1976.
La chiesa di San Juan Bautista è attiva dal 1797, e la chiesa in adobe è in uso continuo dal 1812. La missione fa parte dell’unica piazza spagnola rimasta in California. Ci sono 30 edifici storici nell’area circostante la piazza. Il San Juan Bautista Plaza Historic District è un National Historic Landmark.