Test RT-PCR

Ultimo aggiornamento: November 18, 2020

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La seguente è una rassegna curata di informazioni e letteratura chiave su questo argomento. Non è esaustiva di tutti i dati relativi a questo argomento.

Panoramica

I virus che vengono acquisiti principalmente attraverso una via respiratoria, come la SARS-CoV-2, sono tipicamente diagnosticati attraverso il rilevamento diretto dei componenti virali nei campioni respiratori. I due strumenti più frequentemente utilizzati a tal fine sono i test di amplificazione dell’acido nucleico tramite la reazione a catena della polimerasi (PCR) o i test basati sull’antigene.

Quando è iniziata la pandemia di COVID-19, i test PCR con trascrizione inversa (RT-PCR) sono stati i primi ad essere sviluppati e ampiamente diffusi (Corman et al., gennaio 2020), e rimangono lo strumento principale utilizzato per la diagnosi. Anche se i test antigenici vengono utilizzati e sviluppati, non sono ancora ampiamente disponibili e attualmente hanno un’affidabilità variabile. Per i dettagli sui test antigene e sui test rapidi, si veda la sezione sui test rapidi.

SARS-CoV-2 RT-PCR rileva l’RNA virale; un risultato positivo è altamente specifico per la presenza del virus. La sensibilità di questi test non è uniforme ed è influenzata non solo dal test stesso, ma anche dal limite di rilevamento, dall’inoculo virale, dai tempi del test e dal sito di raccolta del campione. I test di rilevamento virale diretto possono essere basati su diversi bersagli genici e variano in sensibilità e specificità (FIND, luglio 2020).

Qui ci concentriamo sulla letteratura relativa alla sensibilità dei test RT-PCR SARS-CoV-2, comprese le dinamiche virali, gli effetti della tempistica dei test in relazione alla comparsa dei sintomi, i siti di campionamento e le implicazioni della positività persistente. Per un’analisi più dettagliata di ulteriori argomenti riguardanti i test PCR virali, fare riferimento alle linee guida IDSA sulla diagnosi di COVID-19.

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Linee guida

Le linee guida IDSA raccomandano il test dell’acido nucleico (NAAT, chiamato anche RT-PCR in questa revisione) per tutti gli individui sintomatici con sospetto di COVID-19; per gli individui asintomatici con contatto noto o sospetto con un caso di COVID-19; e per gli individui asintomatici quando i risultati avranno un impatto sulle decisioni di isolamento/quarantena/uso di dispositivi di protezione individuale, dettano l’idoneità per un intervento chirurgico o informano la somministrazione della terapia immunosoppressiva.

• IDSA raccomanda il test SARS-CoV-2 RT-PCR nelle persone sintomatiche, anche quando il sospetto clinico è basso.
• IDSA raccomanda il test SARS-CoV-2 RT-PCR in individui asintomatici che sono noti o sospettati di essere stati esposti a COVID-19.
• IDSA suggerisce di ripetere il test dell’RNA virale quando il test iniziale è negativo in individui sintomatici con sospetto clinico intermedio o alto.
• IDSA raccomanda la raccolta dal rinofaringe o dal sito medio-turbinato rispetto all’orofaringe o alla sola saliva.

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Letteratura chiave

In sintesi: Nel complesso, il test RT-PCR è il pilastro nella diagnosi di COVID-19, grazie alla sua sensibilità, specificità e fattibilità rispetto alla coltura virale. È necessario considerare la tempistica del test PCR in relazione ai sintomi, il limite di rilevamento del test e la posizione del sito di raccolta del campione. Le innovazioni future della RT-PCR sono principalmente incentrate sui temi della facilità di elaborazione, dei tempi di esecuzione più rapidi e della riduzione dell’uso di materiali.

Durata dell’infettività e correlazione con i valori soglia del ciclo RT-PCR nei casi di COVID-19 (Singanayagam, agosto 2020).

In generale, in questo studio retrospettivo di campioni prelevati a scopo di sorveglianza nazionale, la carica virale della SARS-CoV-2 nel tratto respiratorio superiore ha raggiunto il picco intorno al momento della comparsa dei sintomi. La capacità di coltivare la SARS-CoV-2 nei pazienti con malattia lieve-moderata è stata massima nella prima settimana, ed è diminuita significativamente entro il 10° giorno dall’inizio dei sintomi; entro il 12° giorno non è stato possibile coltivare il virus. I valori di soglia del ciclo RT-PCR erano fortemente correlati al virus coltivabile.

Popolazione dello studio:

• 754 campioni del tratto respiratorio superiore (URT) di 425 persone con COVID-19 sintomatico testati presso il laboratorio nazionale di riferimento per i virus respiratori della Public Health England tra gennaio e aprile 2020.
• I campioni includevano tamponi da naso, gola, combinati naso-gola e rinofaringe, o aspirati rinofaringei.
• La coltura del virus è stata tentata su 253 casi; 233 casi (92%) sono stati classificati come non gravi (asintomatici o da lievi a moderati) e 20 (8%) hanno avuto una malattia grave.

Primary endpoint:

• Determinare la durata del contagio e determinare se la rilevazione RT-PCR si riferisce al virus coltivabile.

Risultati principali:

• Nella prima settimana dopo l’insorgenza dei sintomi (giorni da 2 a 7), la soglia media del ciclo (Ct) era 28,18 (95% CI 27,76-28,61); nella seconda settimana Ct era 30,65 (95% CI: 29,82-31,52). Dopo 14 giorni, la media geometrica (GM) Ct era 31,60 (95% CI: 31,60-34,49).
• Non c’era differenza nei valori Ct tra quelli con malattia lieve-moderata e grave (p = 0,79).
• Non c’era differenza nella positività della cultura tra casi sintomatici e asintomatici (OR = 0,66; 95% CI: 0.34-1,31).
• La probabilità stimata di recupero del virus da campioni con Ct > 35 era dell’8,3% (95% CI: 2,8%-18,4%).
• C’erano 246 campioni da 176 casi sintomatici in cui la data di inizio dei sintomi era nota: di questi, 103 (42%) da 81 casi erano positivi alla coltura.
  • Il tasso di positività della coltura era significativamente più alto durante la settimana 1 rispetto alla settimana 2 (74% vs 20%; p = 0,002).
  • Dieci giorni dopo la comparsa dei sintomi, la probabilità di coltivare il virus è scesa al 6,0% (95% CI: 0,9-31,2%)
  • Dopo il giorno 12, il virus non è stato coltivato.

Limitazioni:

• Il ricordo dei pazienti è stato utilizzato per determinare l’insorgenza dei sintomi; sono possibili distorsioni nel ricordo.
• La durata e la cessazione dei sintomi non è stata ben registrata.
• La maggior parte dei casi in cui è stata tentata la coltura erano lievi-moderati; questo può limitare la generalizzabilità dei risultati alla malattia grave.
• Per i casi asintomatici, il tempo di acquisizione dell’infezione non era noto.
• I soggetti non sono stati campionati sistematicamente, il che potrebbe aver causato distorsioni nei tempi di campionamento legati allo scenario clinico.

Rilevazione salivare di COVID-19 (Caulley, agosto 2020).

In generale, in questo studio prospettico, il test della saliva con una RT-PCR SARS-CoV-2 è stato meno sensibile del test del tampone nasofaringeo o orofaringeo.

Popolazione dello studio:

• Soggetti asintomatici ad alto rischio e persone con sintomi lievi suggestivi di COVID-19 in un centro di analisi in Canada (n=1939 campioni accoppiati di tamponi nasofaringei o orofaringei e saliva).

Premessa primaria:

• Determinare il tasso di rilevamento della SARS-CoV-2 utilizzando un campione di saliva rispetto al test standard con tampone.

Risultati principali:

• SARS-CoV-2 è stato rilevato in 70 campioni – 80,0% con i tamponi e 68,6% con la saliva.
• 34 pazienti (48,6%) sono risultati positivi per SARS-CoV-2 su entrambi i campioni, tampone e saliva.
• 22 pazienti (31,4%) sono risultati positivi solo con il tampone e 14 (20%) sono risultati positivi solo con la saliva.

Limitazioni:

• I campioni di tampone e di saliva sono stati divisi tra 2 laboratori, il che può aver portato a distorsioni nella segnalazione.
• La dimensione del campione di pazienti con COVID-19 era piccola (n=34 pazienti).

Prospettiva di campioni di saliva o tamponi nasofaringei per il rilevamento della SARS-CoV-2 (Wyllie, agosto 2020).

In generale, in questo studio prospettico, il campione di saliva è stato associato a una sensibilità simile a quella del tampone nasofaringeo nel rilevamento dell’RNA della SARS-CoV-2.

Popolazione dello studio:

• 70 pazienti ospedalizzati con COVID-19, confermata da un campione di tampone nasofaringeo positivo.
• Dopo la diagnosi, i pazienti hanno fornito anche campioni di saliva.

Esito primario:

• Valutare come la saliva si confronta con i campioni di tampone nasofaringeo rispetto alla sensibilità nel rilevamento della SARS-CoV-2 durante il corso dell’infezione.

Risultati principali:

• Sono state trovate più copie di RNA di SARS-CoV-2 nei campioni di saliva (copie log medie per millilitro, 5,58; 95% CI, 5,09-6,07) che nei tamponi nasofaringei (copie log medie per millilitro, 4,93; 95% CI, 4,53-5,33).
• A 1-5 giorni dalla diagnosi, l’81% (95% CI, 71-96) dei campioni di saliva erano positivi, rispetto al 71% (95% CI, 67-94) dei campioni di tamponi nasofaringei.
• Meno variazione nei livelli di SARS-CoV-2 RNA è stata osservata nei campioni di saliva (deviazione standard, 0,98 copie di virus RNA per millilitro; 95% intervallo credibile, 0.08 a 1,98) che nei campioni di tampone nasofaringeo (deviazione standard, 2,01 copie di RNA del virus per millilitro; intervallo di credibilità al 95%, 1,29 a 2,70).

Limitazioni:

• Piccola dimensione del campione di individui che hanno avuto la conferma della COVID-19.
• Studio in un solo centro.
• Sembra che il 100% dei pazienti con tamponi nasofaringei positivi avesse anche campioni di saliva positivi, ma questo non è chiaramente indicato nel manoscritto; se accurato, sarebbe una performance migliore di altri articoli che studiano la sensibilità del test salivare per la SARS-CoV-2.

Prospective Evaluation of Saliva as a Noninvasive Specimen for Detection of SARS-CoV-2 (Williams, luglio 2020).

In generale, in questo studio prospettico che valuta la fattibilità dei campioni di saliva, la maggior parte dei pazienti con tamponi nasofaringei positivi per la SARS-CoV-2 avevano anche campioni di saliva positivi, ma la sensibilità di quest’ultimo test era inferiore. Con i tamponi nasofaringei sono state notate cariche virali più elevate.

Popolazione dello studio:

• 622 pazienti in una clinica di screening COVID-19 in Australia con RT-PCR nasofaringea positiva per SARS-CoV-2.
• 522 (83,9%) hanno fornito anche campioni di saliva.

Premessa primaria:

• Valutare la fattibilità dei campioni di saliva rispetto ai tamponi nasofaringei nel rilevamento della SARS-CoV-2.

Risultati principali:

• 39/622 (6,3%; 95% CI, 4,6-8,5%) pazienti avevano tamponi nasofaringei positivi alla PCR; di questi, 33/39 pazienti (84,6%; 95% CI, 70,0-93.1%) avevano la SARS-CoV-2 rilevata nella saliva.
• La soglia mediana del ciclo (CT) era significativamente più bassa nel NPS rispetto alla saliva, suggerendo una maggiore carica virale nel rinofaringe.
• In entrambi i campioni nasofaringei e di saliva, c’era una correlazione tra il valore CT e i giorni dall’inizio dei sintomi.

Limitazioni:

• Piccola dimensione del campione di pazienti con tamponi nasofaringei positivi (n=39).
• Nessuna informazione è stata fornita riguardo alle caratteristiche di base e ai sintomi dei pazienti; la gravità della COVID-19 non è stata riportata.

Variazione del tasso di falsi negativi dei test basati sulla reazione a catena della polimerasi trascrittasi inversa SARS-CoV-2 in base al tempo dall’esposizione (Kucirka, maggio 2020).

In generale, in questa analisi collettiva, i falsi negativi RT-PCR erano meno comuni 3 giorni dopo la comparsa dei sintomi. Il tasso di falsi negativi RT-PCR era più alto il giorno dell’infezione, era più basso 8 giorni dopo l’infezione, e poi ha cominciato a salire di nuovo.

Popolazione dello studio:

• Analisi raggruppata di un mix di pazienti ricoverati e ambulatoriali con infezione da SARS-CoV-2 in 7 studi sulle prestazioni RT-PCR nel tratto respiratorio superiore in base al tempo trascorso dall’inizio dei sintomi o dall’esposizione (n = 1330 campioni respiratori).

Endpoint primario:

• Stima dei tassi di falsi negativi in base al giorno dall’infezione.

Risultati principali:

• Nel corso dei 4 giorni tra l’infezione (giorno 1) e il momento tipico della comparsa dei sintomi (giorno 5), la probabilità di un risultato falso-negativo in una persona infetta è diminuita dal 100% del giorno 1 (95% CI, 100%-100%) al 67% (CI, 27% – 94%) del giorno 4.
• Il giorno della comparsa dei sintomi (giorno 5), il tasso mediano di falsi negativi era del 38% (IC, 18% – 65%).
• Il giorno 8 il tasso mediano di falsi negativi è sceso al 20% (IC, 12% – 30%), e poi ha cominciato ad aumentare di nuovo (21% il giorno 9).
• Al giorno 21 il tasso mediano di falsi negativi era del 66% (IC, 54% -77%).

Limitazioni:

• Analisi basata su studi eterogenei.
• Gli autori hanno assunto che la data di infezione fosse 5 giorni prima dell’inizio dei sintomi; possibile che questa stima fosse imprecisa per alcuni pazienti.
• Le tecniche di raccolta del campione variavano tra gli studi.
• Non è stato possibile separare i tassi di falsi negativi per tipo di campione (orofaringeo vs. nasofaringeo). nasofaringeo); questo può avere diverse proporzioni di falsi negativi.

Predire il Coronavirus 2 della sindrome respiratoria acuta grave infettiva da campioni diagnostici (Bullard, maggio 2020).

Nell’insieme, in questo studio retrospettivo trasversale, la capacità di coltivare il SARS-CoV-2 ad un Ct > 24 o la durata dei sintomi > 8 giorni può essere bassa. Gli autori presumono che la cultura sia un surrogato adeguato per l’infettività; mentre questa è un’ipotesi ragionevole, non è stata dimostrata.

Popolazione dello studio:

• Studio trasversale retrospettivo di 90 pazienti con COVID-19 in Canada.
• Campioni nasofaringei ed endotracheali ottenuti da persone testate tra 0-21 giorni dopo l’inizio dei sintomi e incubati su cellule Vero.

Esito primario:

• La relazione tra i valori di soglia del ciclo (Ct) della RT-PCR di SARS-CoV-2 dai campioni respiratori, l’inizio dei sintomi al test (STT), e l’infettività nella coltura cellulare.

Risultati principali:

• Ventisei campioni (28,9%) hanno dimostrato una crescita virale.
• Nessuna crescita è stata osservata in campioni con un Ct > 24 o STT di > 8 giorni.
• Il Ct è stato trovato statisticamente associato con una coltura positiva (OR 0.64 ); per ogni aumento di 1 unità del valore Ct le probabilità di infettività sono diminuite del 32%.
• STT è stato associato a coltura positiva (OR 0.63 ); Per ogni aumento di 1 giorno in STT, la probabilità di essere positivi alla coltura è diminuita del 37%
• Il picco di probabilità di una coltura positiva è stato il giorno 3 STT ed è diminuito in seguito.

Limitazioni:

• Dimensione del campione relativamente piccola; non è chiaro quanti campioni erano disponibili per giorno.
• Nessun paziente era asintomatico; questi risultati potrebbero non essere generalizzabili a questa popolazione.

Campione di saliva come campione non invasivo per la diagnosi di malattia da coronavirus 2019: uno studio cross-sectional (Pasomsub, maggio 2020).

Nel complesso, in questo studio trasversale, il campione di saliva è stato associato a un forte accordo di positività SARS-CoV-2 RT-PCR rispetto ai tamponi nasofaringei e alla gola; tuttavia, la piccola dimensione del campione e l’inclusione di soli pazienti sintomatici limita la generalizzabilità dei risultati.

Popolazione dello studio:

• 200 individui in esame che hanno frequentato una clinica per infezioni respiratorie acute in Thailandia.
• Sono stati inclusi gli individui che avevano una storia di viaggio da un’area endemica di COVID-19 entro 14 giorni o avevano una storia di contatto con un individuo che è stato confermato avere o sospettato di avere COVID-19.
• Gli individui hanno fornito tamponi nasofaringei, tamponi della gola e campioni di saliva

Primary endpoint:

• Determinare la fattibilità dei campioni di saliva per rilevare la SARS-CoV-2.

Risultati principali:

• Tra i 19 pazienti con diagnosi di COVID-19 mediante RT-PCR del tampone nasofaringeo e della gola, la mediana (IQR) di insorgenza dei sintomi prima del test era di 3 (2-11) giorni.
• Utilizzando la RT-PCR del tampone nasofaringeo e della gola come standard di riferimento, la prevalenza di COVID-19 diagnosticata dalla RT-PCR del tampone nasofaringeo e della gola era 9,5% (19/200) rispetto al 9% (18/200) con la saliva.
• La sensibilità e la specificità dei campioni di saliva erano 84,2% (95% CI 60,4-96,6%), e 98,9% (95% CI 96,1-99.9%), rispettivamente.
• Il valore predittivo positivo e il valore predittivo negativo erano 88,9% (95% CI 65,3%-98,6%), e 98,4% (95% CI 95,3%-99,7%).
• Un’analisi dell’accordo tra nasofaringe e gola rispetto alla saliva ha mostrato un accordo osservato del 97,5% (coefficiente κ 0,851; p < 0,001).

Limitazioni:

• Sono stati arruolati solo pazienti con sintomi respiratori; pertanto, questi risultati non possono essere applicati a pazienti asintomatici.
• Piccola dimensione del campione (n=19).

Valutazione virologica dei pazienti ospedalizzati con COVID-19 (Wölfel, aprile 2020).

In generale, in questo piccolo studio di pazienti con COVID-19 lieve, il picco della carica virale tramite RT-PCR è stato osservato subito dopo l’insorgenza dei sintomi (entro 4 giorni) e il virus vitale non è stato coltivato oltre l’8° giorno.

Popolazione dello studio:

• 9 pazienti ospedalizzati con COVID-19 lieve da un cluster epidemiologico in Germania.
• Tutti i pazienti sono stati inizialmente diagnosticati tramite RT-PCR da campioni di tampone oro- o nasofaringeo.

Endpoint primario:

• Carico virale nei pazienti con COVID-19.

Risultati chiave:

• Il carico virale medio tramite RT-PCR era di 6. 76 × 105 copie per tampone intero.76 × 105 copie per tampone intero fino al giorno 5; la carica virale ha raggiunto il picco il giorno 4, con 7,11 × 108 copie di RNA per tampone della gola.
• I campioni prelevati dopo il giorno 5 avevano una carica virale media di 3,44 × 105 copie per tampone.
• SARS-CoV-2 è stato in grado di essere coltivato durante la prima settimana dei sintomi nel 16,66% dei tamponi e nell’83,33% dei campioni di espettorato.
• Anche se l’RNA virale è stato rilevato dalla RT-PCR fino a 28 giorni dopo l’inizio dei sintomi, il virus vitale non è stato in grado di essere coltivato dopo 8 giorni.
• Una volta che la RT-PCR è scesa sotto 106 copie/mL il virus non è più coltivabile.
• La sieroconversione nel 50% dei pazienti si è verificata entro il 7° giorno, e in tutti i pazienti entro il 14° giorno, ma questo non è stato correlato a un rapido declino della carica virale.

Limitazioni:

• Dimensioni ridotte del campione.
• Tutti i pazienti avevano COVID-19 lieve, che può limitare la generalizzabilità dei risultati ai pazienti con malattia moderata-grave.

Infezioni presintomatiche da SARS-CoV-2 e trasmissione in una struttura infermieristica qualificata (Kimball, aprile 2020).

Nel complesso, in questo studio prospettico di prevalenza puntuale di residenti in strutture infermieristiche qualificate, i pazienti che erano presintomatici avevano cariche virali elevate mediante RT-PCR.

Popolazione dello studio:

• 76 residenti in una struttura infermieristica qualificata (48 positivi per COVID-19).
• I residenti sono stati classificati come sintomatici se avevano avuto almeno un nuovo o peggiorato sintomo tipico o atipico di COVID-19 nei 14 giorni precedenti.
• I residenti asintomatici erano quelli che non avevano sintomi o solo sintomi cronici stabili (es, tosse cronica senza peggioramenti).
• I residenti presintomatici erano quelli che erano asintomatici al momento del test ma hanno sviluppato sintomi entro 7 giorni dal test.

Esito primario:

• Trasmissione della SARS-CoV-2 e l’adeguatezza dello screening basato sui sintomi per identificare le infezioni nei residenti.

Risultati principali:

• 27 dei 48 residenti (56%) erano asintomatici al momento del test; di questi pazienti, 24 (88,9%) hanno sviluppato i sintomi.
• I campioni di questi 24 residenti presintomatici avevano un valore mediano di soglia del ciclo rRT-PCR di 23,1, indicando un’alta carica virale
• Il virus vitale è stato coltivato da 17 residenti.

Limitazioni:

• Questa analisi è stata condotta in residenti infermieri qualificati, che può limitare la generalizzabilità dei risultati.
• L’accertamento dei sintomi nella popolazione era difficile, che potrebbe aver portato alla classificazione errata dei pazienti.

Dinamiche temporali nello spargimento virale e nella trasmissibilità di COVID-19 (He, aprile 2020).

In generale, in questo studio prospettico, la carica virale nei pazienti con COVID-19 era più alta al momento della comparsa dei sintomi.

Popolazione dello studio:

• 94 pazienti ospedalizzati con COVID-19 in Cina.
• il 66% era moderatamente malato; nessuno è stato classificato come ‘grave’ o ‘critico’ al momento del ricovero.
• 414 tamponi della gola sono stati raccolti, dall’inizio dei sintomi fino a 32 giorni dopo l’inizio.
• Modellati profili di infettività COVID-19 da un campione separato di 77 coppie trasmissione infettore-infetto.

Esito primario:

• Modelli temporali di diffusione virale.

Risultati principali:

• Cariche virali elevate sono state rilevate subito dopo l’inizio dei sintomi, poi gradualmente diminuite verso il limite di rilevazione entro il 21° giorno circa.
• Non c’era differenza nelle cariche virali tra sesso, gruppi di età e gravità della malattia.
• Sulla base della modellazione dei profili di infettività COVID-19, il 44% dei casi secondari è stato infettato durante la fase presintomatica dei casi indice (95% CI 30-57%).

Limitazioni:

• Il ricordo del paziente è stato utilizzato per determinare l’inizio dei sintomi; sono possibili distorsioni nel ricordo.
• La maggior parte dei pazienti aveva una COVID-19 moderata, che può limitare la generalizzabilità di questi risultati ai pazienti con malattia grave.

Dinamica della carica virale e gravità della malattia nei pazienti infettati dalla SARS-CoV-2 nella provincia di Zhejiang, Cina, gennaio-marzo 2020: A retrospective cohort study (Zheng, April 2020).

In generale, in questo studio di coorte retrospettivo la durata mediana dei test RT-PCR positivi nei campioni respiratori era di 21 giorni nei pazienti con malattia grave e 14 giorni nei pazienti con malattia lieve. La durata della positività alla SARS-CoV-2 mediante RT-PCR era significativamente più lunga nei campioni di feci che nei campioni respiratori e di siero.

Popolazione dello studio:

• Studio retrospettivo di 96 pazienti ospedalizzati con COVID-19 in Cina; 22 con malattia lieve e 74 con malattia grave.
• 3497 campioni respiratori, di feci, siero e urine sono stati raccolti.

Endpoint primario:

• Carico virale mediante RT-PCR nelle diverse fasi della malattia COVID-19.

Risultati chiave:

• L’RNA è stato rilevato nelle feci di 55 pazienti (59%) e nel siero di 39 pazienti (41%).
• La durata media del virus nelle feci (22 giorni, IQR 17-31 giorni) è stata significativamente più lunga che nei campioni respiratori (18 giorni, IQR 13-29 giorni; P=0.02) e nei campioni di siero (16 giorni, IQR 11-21 giorni; P<0.001).
• La durata media del virus nei campioni respiratori dei pazienti con malattia grave (21 giorni, IQR 14-30 giorni) era significativamente più lunga che nei pazienti con malattia lieve (14 giorni, IQR 10-21 giorni; P=0.04).
• Nei pazienti con malattia lieve, la carica virale ha raggiunto il picco nei campioni respiratori nella seconda settimana dall’inizio della malattia; nei pazienti con malattia grave, la carica virale ha continuato ad essere alta durante la terza settimana di malattia.

Limitazioni:

• Studio di un solo centro.
• Dati raccolti retrospettivamente, che possono aver permesso di confondere.
• Un piccolo numero di pazienti nel campione (22) aveva solo la malattia lieve.

Valutazione prospettica della carica virale della SARS-CoV-2 nei campioni delle vie respiratorie superiori dei pazienti infetti (Zou, marzo 2020).

In generale, in questo piccolo studio prospettico di pazienti con COVID-19, cariche virali elevate erano presenti subito dopo l’insorgenza dei sintomi, rispetto a quelle successive.

Popolazione dello studio:

• 18 pazienti all’interno di 2 cluster familiari con COVID-19 dalla Cina – 1 persona era asintomatica, mentre 13 avevano polmonite alla TAC.
• Sono stati raccolti 72 tamponi della gola e 72 tamponi nasali.

Endpoint primario:

• Misurazioni della carica virale tramite RT-PCR.

Risultati principali:

• Le cariche virali erano più alte subito dopo l’inizio dei sintomi rispetto a quelle successive.
• Le cariche virali più alte sono state rilevate nel naso rispetto alla gola dei pazienti.
• Il modello di spargimento virale assomigliava a quello dell’influenza piuttosto che della SARS-CoV-2.
• La carica virale del paziente asintomatico era simile a quella dei pazienti sintomatici.

Limitazioni:

• Piccole dimensioni del campione.
• I pazienti facevano parte dello stesso cluster familiare; l’inoculo virale potrebbe essere stato più alto in questo gruppo che nei pazienti infettati fuori casa.

Valutazione retrospettiva del rilevamento della SARS-CoV-2 tramite RT-PCR in diversi tipi di campioni clinici (Wang, marzo 2020).

In generale, in questa valutazione retrospettiva della SARS-CoV-2 RT-PCR da vari siti, i campioni del tratto respiratorio inferiore hanno avuto tassi di positività più alti rispetto ai campioni del tratto respiratorio superiore. Le cariche virali erano più alte nelle narici.

Popolazione dello studio:

• 1070 campioni di SARS-CoV-2 da siti diversi in 205 pazienti ospedalizzati con COVID-19, il 19% dei quali aveva una malattia grave.
• I tamponi faringei RT-PCR sono stati raccolti dalla maggior parte dei pazienti da 1 a 3 giorni dopo il ricovero.
• Sangue, espettorato, feci, urina e campioni RT-PCR nasali sono stati raccolti durante tutto il ricovero.
• Il liquido di lavaggio broncoalveolare e la biopsia a spazzola del fibrobroncoscopio sono stati campionati da pazienti con malattia grave o sottoposti a ventilazione meccanica.

Endpoint primario:

• Determinare la biodistribuzione della SARS-CoV-2 in vari tessuti.

Risultati principali:

• I campioni di liquido di lavaggio broncoalveolare hanno mostrato le più alte percentuali di positività (14/15; 93%), seguiti da espettorato (72/104; 72%), tamponi nasali (5/8; 63%), biopsia a spazzola con fibrobroncoscopio (6/13; 46%), tamponi faringei (126/398; 32%), feci (44/153; 29%), e sangue (3/307; 1%).
• I tamponi nasali avevano una soglia media di ciclo più alta rispetto agli altri siti (24,3, contro 30), indicando carichi virali più elevati nelle narici.

Limitazioni:

• Alcuni pazienti non avevano a disposizione informazioni cliniche dettagliate, limitando la correlazione dei dati ai sintomi o al decorso della malattia.
• La dimensione del campione era piccola per alcune aree di tessuto.
• I tempi di campionamento differivano tra i siti, e quindi i risultati potrebbero non essere direttamente comparabili.
• Il campionamento del tratto respiratorio inferiore si è verificato solo nei pazienti con malattia grave; i risultati per questi pazienti potrebbero non essere direttamente comparabili con quelli dei pazienti con malattia lieve-moderata.

Letteratura aggiuntiva

Valutazione della precisione di diversi campioni respiratori nella diagnosi di laboratorio e nel monitoraggio dello spargimento virale delle infezioni 2019-nCoV (Yang, febbraio 2020). 213 pazienti ospedalizzati con COVID-19 in Cina hanno fornito 866 campioni respiratori clinici, tra cui tamponi nasali e della gola, espettorato e liquido di lavaggio broncoalveolare. I campioni di espettorato sono risultati positivi alla RT-PCR, indipendentemente dalla gravità clinica della malattia.

Profilo di rilevamento della SARS-CoV-2 mediante RT-PCR in diversi tipi di campioni clinici: Una revisione sistematica e meta-analisi (Bwire, luglio 2020). 8136 campioni clinici in pool analizzati per rilevare la SARS-CoV-2; la maggior parte erano tamponi nasofaringei (69,6%). I campioni del tratto respiratorio inferiore avevano un tasso di positività del 71,3%; il liquido di lavaggio broncoalveolare aveva un tasso di positività del 91,8%; l’espettorato aveva un tasso di positività del 68,1%; e i tamponi nasofaringei avevano un tasso di positività del 45,5%.