Peggy es la secretaria de Don hasta que es ascendida, gracias a que Freddy Rumsen le cuenta a Don cómo actuó durante el grupo de discusión de Belle Jolie. Don permite que Peggy trabaje en las cuentas pero le dice que sigue siendo su secretaria. Peggy suele estar abiertamente resentida por los exigentes requisitos de Don y su negativa a expresar aprecio por su trabajo, pero también es consciente de que él es el único en la empresa que la considera igual a sus compañeros redactores, a pesar de su género. Al final de la primera temporada, Don le da un aumento de sueldo y la asciende, lo que significa que ya no trabajará como su secretaria. A medida que avanza la serie, desarrollan una relación de tipo cónyuge laboral.
Durante la segunda temporada, la relación de Peggy y Don se profundiza después de que éste conduzca en estado de embriaguez y tenga un accidente de coche. Al no tener a nadie más a quien llamar y estar arrestado por conducir ebrio, llama a Peggy, que paga la fianza de él y de su amante Bobbie Barret (Melinda McGraw) para salir de la cárcel. Bobbie se queda en el apartamento de Peggy durante unos días y le pregunta constantemente por qué está ayudando tanto a Don. Se revela que al final de la primera temporada, Peggy dio a luz a un hijo, que dio en adopción. Traumatizada por la experiencia, Peggy se ve obligada a permanecer en el hospital durante mucho tiempo, y Don fue el único que se preocupó lo suficiente como para investigar su paradero y es también el único que la visita en el hospital, además de su madre. Peggy y Don mantienen una intensa conversación en el hospital, y él la anima a hacer lo que le dicen los médicos. Al final del episodio «The New Girl», Peggy le llama «Don» en lugar de «Mr. Draper», algo que lleva haciendo desde el principio de la serie.
Cuando en «Maidenform» (Temporada 2) Peggy cuestiona las categorizaciones de sus colegas masculinos sobre las mujeres como «Marilyns» o «Jackies», y pregunta cuál es ella, Ken bromea diciendo que es Gertrude Stein, y los hombres más jóvenes se ríen. Don no tarda en replicar que Peggy es Irene Dunne, lo que Freddy apoya con un «me encanta Irene Dunne».
En la tercera temporada, Don y Peggy siguen confiando el uno en el otro. Sin embargo, su relación se vuelve tensa debido al enfado de Don y a su aparente falta de aprecio por Peggy y su trabajo. Cuando Don decide crear su propia agencia de publicidad, Peggy es una de las primeras personas con las que habla. Él supone que ella dejará Sterling Cooper y le seguirá a su nueva agencia, pero se sorprende y se siente herido cuando ella se niega, afirmando que está cansada de recibir su ira cuando algo no le sale bien. Más tarde, Don va al apartamento de Peggy y ambos mantienen una emotiva conversación en la que le pide que le acompañe a su nueva agencia. Cuando Peggy continúa expresando su reticencia, Don le dice que si no va con él, pasará el resto de su vida intentando contratarla. Matthew Weiner, creador, guionista principal y showrunner de la serie, ha declarado que esta conversación es esencialmente Don diciéndole a Peggy que la ama.
La relación de Don y Peggy se consolida aún más en la cuarta temporada, cuando Don obliga a Peggy a trabajar toda la noche en su cumpleaños (en «La maleta»). Aunque al principio ella se enfada con Don por tener que cancelar los planes de cena con su novio para adaptarse a las exigencias laborales de Don, Peggy y Don acaban reconciliándose y van a cenar.
Pasan la noche hablando, y cada uno revela al otro detalles personales de su vida. Peggy le cuenta a Don que su madre le odia porque cree que es el padre de su bebé. También hablan del hecho de que todos en la oficina suponen que los dos se acuestan juntos o se han acostado en el pasado.
Peggy le pregunta de forma indirecta por qué nunca ha intentado tener una aventura con ella. Él le dice que tiene reglas que no puede romper, a lo que ella hace un comentario sarcástico y se refiere a sus anteriores aventuras. Peggy se queja de las citas, y Don le responde que es «monísima» y que ya encontrará a alguien.
Peggy y Don vuelven al edificio de oficinas, donde Peggy ayuda a Don a salir de su estupor de borracho. Duck aparece inesperadamente, también extremadamente borracho. Cree que Peggy y Don tienen una relación sentimental y la llama puta. En respuesta, Don ataca a Duck y los dos se pelean borrachos. Peggy consigue que Duck se vaya y vuelve a la oficina de Don, donde lo encuentra bebiendo de nuevo. Don se disculpa con Peggy por avergonzarla, y ambos se quedan dormidos en el sofá de su despacho con la cabeza de él sobre el regazo de Peggy.
Más tarde, esa misma mañana, un angustiado Don llora en presencia de Peggy tras enterarse de la muerte de Anna por teléfono. Cuando Don le dice a Peggy que ha perdido a la única persona del mundo que le conocía de verdad, Peggy le pone tiernamente una mano consoladora en el hombro y le responde: «Eso no es cierto», lo que parece calmarle. Más tarde, esa misma mañana, un Don sobrio llama a Peggy a su despacho para hablar del anuncio con el que habían estado luchando. Don interrumpe bruscamente la conversación relacionada con el trabajo cogiendo la mano de Peggy, en señal de agradecimiento por todo lo que hizo la noche anterior.
Peggy parece sorprendida y decepcionada cuando Don anuncia su compromiso con Megan Calvet, su secretaria. Peggy felicita a Don y éste le responde que Megan la admira y que le recuerda mucho a Peggy. Peggy interpreta el gesto como un cumplido de espaldas, y en una charla privada con Joan comenta indignada que Don parece más emocionado por casarse con su secretaria que por su propio éxito. Joan le dice a Peggy que Don no es menos superficial y superficial que cualquiera de sus otros superiores masculinos, y que su compromiso con Megan no debería ser una sorpresa.
La relación entre Peggy y Don se vuelve más tensa después de que Don se case con Megan y la ascienda a redactora en SCDP. Peggy asume el papel de mentora de Megan e intenta cultivar su aparente talento (aunque más tarde resulta que Megan no está satisfecha con ser redactora). Don también da a Peggy más responsabilidades, ya que ha empezado a pasar más tiempo en casa que en el trabajo. Peggy se siente a menudo frustrada por su nueva carga de trabajo, y las cosas no mejoran cuando la agencia contrata a otro redactor masculino -Michael Ginsberg- que parece recibir más créditos que su supervisora Peggy por la misma cantidad de trabajo.
Después de que Peggy consiga salvar una cuenta, le pregunta a Don si va a ir a París con el resto del equipo y le pide un reconocimiento por haber salvado la cuenta del cliente Château Cheval Blanc (en el episodio de la quinta temporada, «La otra mujer»), Don se enfada y le tira el dinero a la cara, asumiendo que está pidiendo otro aumento.
Este es el punto de ruptura de Peggy, que se da cuenta de que no puede seguir en Sterling Cooper Draper Pryce. Siguiendo el consejo de Freddy Rumsen, Peggy se reúne con otras agencias, y finalmente elige ir con Ted Chaough, el rival de Don, en Cutler, Gleason y Chaough, donde recibirá más dinero y el título de Jefe de Redacción.
Peggy le da la noticia a Don inmediatamente después de que éste se entere de que SCDP ha conseguido a Jaguar. Don asume erróneamente que ella está pidiendo un aumento de sueldo y se sorprende cuando le dice que en realidad está renunciando. Don le dice que diga la cantidad de dinero que le ofrecen en la otra agencia y que él le pagará más, pero Peggy se mantiene firme. Después de utilizar varias tácticas fallidas para conseguir que se quede, Don se pone cada vez más emotivo y enfadado, pero finalmente acepta su aviso de renuncia de dos semanas. Le dice cruelmente a Peggy que puede irse ese mismo día en lugar de esperar las dos semanas habituales.
Cuando Peggy le tiende la mano para estrecharla, Don la coge y la besa, y se niega a soltarla hasta que Peggy la retira a la fuerza. Una emotiva Peggy se marcha, dejando a Don llorando en su despacho.
En la sexta temporada, SCDP y CGC se fusionan, reuniendo a Peggy y Don, para decepción de Peggy. La relación de Don y Peggy es en este punto extremadamente tensa, cimentada por el alcoholismo de Don y sus celos de Ted. La mayor parte de las interacciones de Don y Peggy durante esta temporada comprende sus peleas por el hecho de que Don la pone constantemente en medio de las discusiones entre él y Ted, lo que la hace sentir incómoda. Don se enfrenta a Peggy después de que ella se niegue a elegir un bando, diciéndole que es su trabajo elegir la mejor idea. Peggy argumenta que él sólo se enfada cuando se niega a elegir un bando o cuando se pone del lado de Ted. Ella le dice que tanto él como Ted son parecidos, excepto que Ted nunca la hiere como lo hace Don. Don responde: «Él no te conoce», y se marcha, dejando a Peggy conmocionada.
En el final de la sexta temporada («In Care Of»), Don se dispone a mudarse a California con Megan, pero pone en juego su matrimonio permitiendo que Ted ocupe su lugar, para salvar el matrimonio de Ted después de que éste se haya acostado con Peggy. Cuando Ted le dice a Peggy que se va, ella se enfada y asume que esto es obra de Don como venganza por su aventura con Ted, pero se queda sorprendida y confundida cuando Ted le dice que se lo pidió a Don, y éste aceptó.
Los otros socios colocan a Don en una baja forzosa debido a su comportamiento, convirtiendo a Peggy SC&P en la directora creativa de facto. En un cuadro muy comentado, la temporada se cierra con un plano de Peggy sentada en la silla del escritorio de Don, contemplando el horizonte de Nueva York, en una pose que recuerda a la de Don en la tarjeta de presentación de Mad Men.
Durante la mayor parte de la primera mitad de la séptima temporada, Don y Peggy no se comunican desde que Don está de baja, aunque se revela que Don ha estado enviando trabajo a Peggy a través de Freddy Rumsen (Peggy asume que es el trabajo de Freddy). Cuando Don está en la oficina esperando a ver si se le permite volver, Peggy le dice a Don que no se ha echado de menos su presencia. Después de que a Don se le permita volver a trabajar a tiempo completo (con algunas condiciones), tanto Don como Peggy evitan verse o hablarse. En el cuarto episodio de la temporada, «The Monolith», Peggy recibe la noticia de que Burger Chef está interesado en realizar una campaña publicitaria y que ella será la encargada. Está encantada hasta que le dicen que Don debe estar en su equipo para esta tarea, ya que no ha hecho mucho desde su regreso. Peggy llama al equipo a su despacho y asigna a cada persona la tarea de escribir 25 etiquetas. Evita el contacto visual con Don, que la mira fijamente durante toda la reunión. Tras la reunión, Don entra en su despacho y lanza una máquina de escribir contra la pared.
Se pasa el resto del episodio desafiando las órdenes de Peggy al negarse a completar el encargo y no asiste a las reuniones que Peggy convoca. Después de que Don beba en exceso en la oficina, Freddy, que ha estado ayudando a Don a mantenerse sobrio, llega a la oficina para llevarlo a casa. Después de que Don se despierta, Freddy le sermonea y convence a Don para que agache la cabeza y haga el trabajo. Don, ya sobrio, vuelve a la oficina y le dice a Peggy que tendrá para el almuerzo los 25 eslabones que le pidió.
La tensión entre Peggy y Don continúa hasta el episodio 6, «La estrategia». Peggy sigue luchando con Burger Chef, y se desanima aún más después de que Lou Avery y Pete Campbell le digan que tiene que ser «la voz de las madres» con la campaña y que debe centrarse en una vida familiar feliz. Por fin tiene lo que cree que es una buena campaña, pero se tambalea después de que Don sugiera inocentemente algo diferente. Esto hace que Peggy dude de la campaña, y va a la oficina a trabajar durante el fin de semana. Llama a Don un sábado para decirle que su idea era horrible y para gritarle por expresarse. También le acusa de hacerlo a propósito, ya que sabe que ella se preocupará por la campaña.
Don la ignora y sigue pasando tiempo con Megan, que está de visita desde California durante el fin de semana. Sin embargo, Don acorta la visita de Megan y en su lugar va a la oficina el domingo para ayudar a Peggy. Al principio discuten, pero a medida que avanza la noche, empiezan a llevarse bien como antes. Se unen por el hecho de que ambos creen que las familias perfectas y nucleares no existen.
Don le confiesa a Peggy que tiene miedo de haber desperdiciado su vida, y que no tiene a nadie que se preocupe por él. Peggy le cuenta a Don que ha viajado a varios estados diferentes y ha hablado con cientos de clientes de Burger Chef, y empieza a llorar porque no sabe qué ha hecho mal con la campaña. Don la consuela y le dice que está haciendo un gran trabajo. Sigue animándola y a Peggy se le ocurre por fin la idea perfecta para la campaña.
Don se da cuenta de que en la radio está sonando «My Way» de Frank Sinatra y pide a Peggy que baile con él. Mientras bailan, Peggy apoya su cabeza en el pecho de Don y él le besa la cabeza.
La noche siguiente, los dos se reúnen con Pete en un Burger Chef para hablar de la nueva campaña. A Pete le disgusta que lo cambien todo en el último momento y le echa la culpa a Peggy, pero Don la defiende y los tres cenan juntos como una familia.
Don ha empezado a ser responsable y fiable tras su reconciliación, y él y Peggy siguen apoyándose y animándose mutuamente. En el último episodio de la primera mitad de la temporada, se revela que el equipo de Burger Chef viajará a Indianápolis, y Don presentará la campaña de Burger Chef. Durante la reunión de presentación, Pete empieza a meterse con ellos, pero Peggy y Don se defienden mutuamente.
Mientras se alojan en un hotel de Indianápolis, Don, Peggy, Harry y Pete se reúnen para ver juntos la llegada a la Luna. Harry señala que Peggy sólo ha traído una cerveza para Don y para ella (que Don abre para ella). Don y Peggy se sientan cerca el uno del otro en la cama del hotel mientras los cuatro ven a Neil Armstrong pisar la Luna.
Más tarde, esa misma noche, Don es informado de que el fundador de Sterling Cooper, Bert Cooper (Robert Morse), ha muerto y, como consecuencia, será despedido, ya que el voto de Cooper era necesario para que siguiera empleado. Don va inmediatamente a la habitación de Peggy y le dice que debe hacer la presentación de Burger Chef. Quiere que lo haga porque si la reunión es un éxito, la cuenta pertenece a quien hizo la presentación. Como le van a despedir, Don teme que si hace la presentación y tiene éxito, Peggy se quede sin nada. Sin embargo, si gana la cuenta, estará bien aunque él se vaya.
Peggy discute con él diciendo que es demasiado de última hora, y que teme no poder hacerlo. Don la anima, diciéndole que no estaría haciendo esto si realmente no creyera que ella puede hacerlo. Peggy sigue negándose, pero finalmente acepta después de que Don le diga que, aunque no ha visto su presentación, la ha escuchado -refiriéndose al estreno de la sexta temporada en el que Don escucha a escondidas la presentación de Peggy con Heinz.
Don y Peggy se sonríen durante toda la presentación de Burger Chef. Después, regresan a Nueva York, donde se revela que Don podrá quedarse después de que Roger convenza a otra agencia para que les compre, lo que significa que son una empresa independiente.
Peggy recibe una llamada de Burger Chef diciendo que les ha encantado la presentación y que quieren ponerse a trabajar. Corre a decírselo a Don, y los dos comparten felizmente un abrazo.
Durante la séptima temporada, después de que Peggy se entere de que SCDP ha sido absorbida de nuevo por McCann-Erickson, considera la posibilidad de marcharse por completo, pero un cazatalentos la convence de que es mejor que se traslade a McCann y permanezca allí durante unos años, hasta que haya construido su currículum. Aunque frustrada por la cultura misógina de McCann y desconcertada por la repentina e inexplicable marcha de Don, se siente brevemente tentada por la propuesta de Joan de que unan sus fuerzas y creen su propia agencia. Sin embargo, en el último episodio, Peggy decide finalmente quedarse en McCann, en parte para seguir con Stan, ya que se dan cuenta de que se ha desarrollado un amor mutuo entre ellos.