Sin embargo, la endogamia conlleva problemas potenciales. La limitada reserva genética causada por la endogamia continuada significa que los genes deletéreos se generalizan y la raza pierde vigor. Los proveedores de animales de laboratorio dependen de esto para crear cepas uniformes de animales que son inmunodeprimidos o que se reproducen para un trastorno particular, por ejemplo, la epilepsia. Estos animales son tan consanguíneos que son genéticamente idénticos (¡clones!), una situación que normalmente sólo se da en gemelos idénticos. Del mismo modo, se puede utilizar una cantidad controlada de endogamia para fijar los rasgos deseables en el ganado de la granja, por ejemplo, la producción de leche, las proporciones de magro/grasa, la tasa de crecimiento, etc.
Ocurrencia natural de la endogamia
Esto no quiere decir que la endogamia no se produzca de forma natural. Una manada de lobos, que está aislada de otras manadas de lobos, por factores geográficos o de otro tipo, puede llegar a ser muy endogámica. El efecto de los genes deletéreos se hace notar en las generaciones posteriores, ya que la mayoría de la descendencia hereda estos genes. Los científicos han descubierto que los lobos, aunque vivan en zonas diferentes, son genéticamente muy similares. Posiblemente la desolación de su hábitat natural haya reducido drásticamente el número de lobos en el pasado, creando un cuello de botella genético.
En el lobo, la falta de diversidad genética les hace susceptibles a las enfermedades, ya que carecen de la capacidad de resistir ciertos virus. La endogamia extrema afecta a su éxito reproductivo, con camadas de pequeño tamaño y altas tasas de mortalidad. Algunos científicos esperan poder desarrollar una reserva genética más variada introduciendo lobos de otras zonas en las manadas endogámicas.
Otro animal que sufre los efectos de la endogamia es el panda gigante. Al igual que en el caso del lobo, esto ha provocado una baja fertilidad entre los pandas y altas tasas de mortalidad infantil. A medida que las poblaciones de pandas se van aislando unas de otras (debido a que los humanos bloquean las rutas que antes utilizaban los pandas para desplazarse de una zona a otra), los pandas tienen más dificultades para encontrar una pareja con una mezcla diferente de genes y se reproducen con menos éxito.
En los gatos, el aislamiento natural y la endogamia han dado lugar a razas domésticas como el Manx, que se desarrolló en una isla de forma que el gen de la ausencia de cola se generalizó a pesar de los problemas asociados a ella. Aparte de algún que otro gato que saltó del barco en la isla de Man, hubo pocos cruces externos y el efecto de la endogamia se refleja en el tamaño de las camadas, inferior a la media (los genetistas creen que se reabsorben más gatitos de Manx de lo que se pensaba debido a la anormalidad genética), los nacidos muertos y las anomalías de la columna vertebral que los criadores diligentes se han esforzado por eliminar.
Algunas colonias asilvestradas se vuelven altamente endogámicas debido a que están aisladas de otros gatos (por ejemplo, en una granja remota) o porque otros compañeros potenciales de la zona han sido castrados, eliminándolos del acervo genético. La mayoría de los trabajadores felinos que tratan con gatos abandonados se han encontrado con algunos de los efectos de la endogamia. Dentro de estas colonias puede haber una incidencia superior a la media de ciertos rasgos. Algunos no son graves, por ejemplo, el predominio de gatos con patrón calicó. Otros rasgos heredados que pueden encontrarse en un número superior a la media en las colonias endogámicas incluyen la polidactilia (el caso más extremo registrado hasta ahora es el de una gata americana con nueve dedos en cada pie), el enanismo (aunque las gatas enanas pueden tener problemas al intentar dar a luz debido al tamaño de la cabeza de los gatitos), otras deformidades estructurales o una predisposición a ciertas enfermedades hereditarias.
El resultado final de la endogamia continuada es la falta de vigor terminal y la probable extinción, ya que el acervo genético se contrae, la fertilidad disminuye, las anormalidades aumentan y las tasas de mortalidad se incrementan.