Última actualización: 18 de noviembre de 2020
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- Literatura clave
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- La IDSA recomienda la realización de la prueba RT-PCR del SARS-CoV-2 en personas sintomáticas, incluso cuando la sospecha clínica es baja.
- La ISA recomienda la realización de pruebas de RT-PCR de SARS-CoV-2 en personas asintomáticas que se sabe o se sospecha que han estado expuestas a COVID-19.
- La ISA sugiere repetir las pruebas de ARN viral cuando la prueba inicial es negativa en personas sintomáticas con sospecha clínica intermedia o alta.
-
La ISA recomienda la recogida de muestras de la nasofaringe o de la zona media de la turbina en lugar de la orofaringe o la saliva únicamente.
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Literatura clave
En resumen: En general, la prueba RT-PCR es el pilar para diagnosticar COVID-19, debido a su sensibilidad, especificidad y viabilidad en comparación con el cultivo viral. Hay que tener en cuenta el momento de la prueba de PCR en relación con los síntomas, el límite de detección del ensayo y la ubicación del lugar de recogida de la muestra. Las nuevas innovaciones en la RT-PCR que se avecinan se centran principalmente en temas de facilidad de procesamiento, tiempos de respuesta más rápidos y reducciones en el uso de materiales.
Duración de la infecciosidad y correlación con los valores umbrales del ciclo de la RT-PCR en casos de COVID-19 (Singanayagam, agosto de 2020).
En general, en este estudio retrospectivo de muestras tomadas con fines de vigilancia nacional, la carga viral de SARS-CoV-2 en el tracto respiratorio superior alcanzó su punto máximo en torno al momento del inicio de los síntomas. La capacidad de cultivar el SARS-CoV-2 en los pacientes con enfermedad leve-moderada fue máxima en la primera semana, y disminuyó significativamente al décimo día después del inicio de los síntomas; al duodécimo día ya no se podía cultivar el virus. Los valores del umbral del ciclo de RT-PCR se correlacionaron fuertemente con el virus cultivable.
Población de estudio:
- 754 muestras del tracto respiratorio superior (TRS) de 425 personas con COVID-19 sintomático analizadas en el laboratorio nacional de referencia de virus respiratorios de Public Health England entre enero y abril de 2020.
- Las muestras incluían hisopos de nariz, garganta, combinados de nariz y garganta y nasofaringe, o aspirados nasofaríngeos.
- Se intentó el cultivo del virus en 253 casos; 233 casos (92%) se clasificaron como no graves (asintomáticos o de leves a moderados) y 20 (8%) tuvieron una enfermedad grave.
- Determinar la duración de la infecciosidad y determinar si la detección por RT-PCR se relaciona con el virus cultivable.
- En la primera semana tras el inicio de los síntomas (días -2 a 7), la media del umbral de ciclo (Ct) fue de 28,18 (IC 95%: 27,76-28,61); en la segunda semana el Ct fue de 30,65 (IC 95%: 29,82-31,52). Después de 14 días, la media geométrica (GM) del Ct fue de 31,60 (IC del 95%: 31,60-34,49).
- No hubo diferencias en los valores de Ct entre los que tenían la enfermedad de leve a moderada y los que tenían la enfermedad grave (p = 0,79).
- No hubo diferencias en la positividad del cultivo entre los casos sintomáticos y los asintomáticos (OR = 0,66; IC del 95%: 0.34-1,31).
- La probabilidad estimada de recuperación del virus a partir de muestras con Ct > 35 fue del 8,3% (IC del 95%: 2,8%-18,4%).
- Hubo 246 muestras de 176 casos sintomáticos en los que se conocía la fecha de inicio de los síntomas: de ellas, 103 (42%) de 81 casos fueron positivas al cultivo.
- La tasa de positividad de los cultivos fue significativamente mayor durante la semana 1 que durante la semana 2 (74% frente al 20%; p = 0,002).
- Diez días después del inicio de los síntomas, la probabilidad de cultivar el virus disminuyó al 6,0% (IC del 95%: 0,9-31,2%)
- Después del día 12, no se cultivó el virus.
- Se utilizó el recuerdo de los pacientes para determinar el inicio de los síntomas; es posible un sesgo de recuerdo.
- La duración y el cese de los síntomas no se registraron bien.
- La mayoría de los casos en los que se intentó el cultivo eran leves-moderados; esto puede limitar la generalización de los hallazgos a la enfermedad grave.
- Para los casos asintomáticos, no se conocía el momento de adquisición de la infección.
- Los sujetos no fueron muestreados sistemáticamente, lo que podría haber causado un sesgo en el momento del muestreo relacionado con el escenario clínico.
- Individuos asintomáticos de alto riesgo y personas con síntomas leves sugestivos de COVID-19 en un centro de pruebas de Canadá (n=1939 muestras emparejadas de hisopos nasofaríngeos u orofaríngeos, y saliva).
- Determinar la tasa de detección del SARS-CoV-2 utilizando una muestra de saliva en comparación con las pruebas estándar con hisopo.
- El SARS-CoV-2 se detectó en 70 muestras – 80,0% con hisopos y 68,6% con saliva.
- 34 pacientes (48,6%) dieron positivo al SARS-CoV-2 tanto en las muestras de hisopo como en las de saliva.
- 22 pacientes (31,4%) dieron positivo sólo con el hisopo y 14 (20%) dieron positivo sólo con la saliva.
- Las muestras de hisopo y saliva se dividieron entre 2 laboratorios, lo que puede haber provocado un sesgo de información.
- El tamaño de la muestra de pacientes con COVID-19 fue pequeño (n=34 pacientes).
- 70 pacientes hospitalizados con COVID-19, confirmados por una muestra de hisopo nasofaríngeo positiva.
- Después del diagnóstico, los pacientes también proporcionaron muestras de saliva.
- Evaluar cómo se compara la saliva con las muestras de hisopo nasofaríngeo con respecto a la sensibilidad en la detección del SARS-CoV-2 durante el curso de la infección.
- Se encontraron más copias de ARN del SARS-CoV-2 en las muestras de saliva (media de copias logarítmicas por mililitro, 5,58; IC del 95%, 5,09-6,07) que en los hisopos nasofaríngeos (media de copias logarítmicas por mililitro, 4,93; IC del 95%, 4,53-5,33).
- De 1 a 5 días después del diagnóstico, el 81% (IC del 95%, 71-96) de las muestras de saliva fueron positivas, en comparación con el 71% (IC del 95%, 67-94) de las muestras de hisopos nasofaríngeos.
- Se observó una menor variación en los niveles de ARN del SARS-CoV-2 en las muestras de saliva (desviación estándar, 0,98 copias de ARN del virus por mililitro; intervalo de credibilidad del 95%, 0.08 a 1,98) que en las muestras de hisopo nasofaríngeo (desviación estándar, 2,01 copias de ARN del virus por mililitro; intervalo de credibilidad del 95%, 1,29 a 2,70).
- El tamaño de la muestra de individuos que se sometieron a la COVID-19 confirmatoria es pequeño.
- Estudio en un solo centro.
- Parece que el 100% de los pacientes con hisopos nasofaríngeos positivos también tenían muestras de saliva positivas, pero esto no se indica claramente en el manuscrito; si es exacto, sería un rendimiento mejor que el de otros trabajos que estudian la sensibilidad de las pruebas de SARS-CoV-2 en saliva.
- 622 pacientes en una clínica de cribado COVID-19 en Australia con RT-PCR nasofaríngea positiva para SARS-CoV-2.
- 522 (83,9%) también proporcionaron muestras de saliva.
- Evaluar la viabilidad de las muestras de saliva en comparación con los hisopos nasofaríngeos para detectar el SARS-CoV-2.
- 39/622 (6,3%; IC del 95%, 4,6-8,5%) pacientes tuvieron hisopos nasofaríngeos positivos a la PCR; de ellos, 33/39 pacientes (84,6%; IC del 95%, 70,0-93.1%) tenían SARS-CoV-2 detectado en la saliva.
- La mediana del umbral de ciclo (TC) fue significativamente menor en el SNP en comparación con la saliva, lo que sugiere una mayor carga viral en la nasofaringe.
- Tanto en las muestras de nasofaringe como en las de saliva, hubo una correlación entre el valor del TC y los días transcurridos desde el inicio de los síntomas.
- El tamaño de la muestra de pacientes con hisopos nasofaríngeos positivos es pequeño (n=39).
- No se proporcionó información respecto a las características basales y los síntomas de los pacientes; no se informó de la gravedad del COVID-19.
- Análisis agrupado de una mezcla de pacientes hospitalizados y ambulatorios con infección por SARS-CoV-2 en 7 estudios del rendimiento de la RT-PCR en el tracto respiratorio superior según el tiempo transcurrido desde el inicio de los síntomas o la exposición (n = 1330 muestras respiratorias).
- Estimación de las tasas de falsos negativos según el día desde la infección.
- En los 4 días transcurridos entre la infección (día 1) y el momento típico de aparición de los síntomas (día 5), la probabilidad de un resultado falso-negativo en una persona infectada disminuyó del 100% en el día 1 (IC 95%, 100%-100%) al 67% (IC, 27% – 94%) en el día 4.
- En el día de inicio de los síntomas (día 5), la mediana de la tasa de falsos negativos fue del 38% (IC, 18% a 65%).
- En el día 8, la mediana de la tasa de falsos negativos disminuyó al 20% (IC, 12%- 30%), y luego comenzó a aumentar de nuevo (21% en el día 9).
- En el día 21 la mediana de la tasa de falsos negativos fue del 66% (IC, 54% -77%).
- Análisis basado en estudios heterogéneos.
- Los autores asumieron que la fecha de la infección era 5 días antes del inicio de los síntomas; es posible que esta estimación fuera inexacta para algunos pacientes.
- Las técnicas de recogida de muestras variaron entre los estudios.
- No fue posible separar las tasas de falsos negativos por tipo de muestra (orofaríngea vs. nasofaríngeo); esto puede tener diferentes proporciones de falsos negativos.
- Estudio transversal retrospectivo de 90 pacientes con COVID-19 en Canadá.
- Muestras nasofaríngeas y endotraqueales obtenidas de personas analizadas entre 0 y 21 días después del inicio de los síntomas e incubadas en células Vero.
- La relación entre los valores del umbral de ciclo (Ct) de la RT-PCR del SARS-CoV-2 de las muestras respiratorias, el inicio de los síntomas hasta la prueba (STT) y la infectividad en el cultivo celular.
- Veintiséis muestras (28,9%) demostraron crecimiento viral.
- No se observó crecimiento en las muestras con un Ct > 24 o un STT de > 8 días.
- Se encontró que el Ct estaba estadísticamente asociado con el cultivo positivo (OR 0.64 ); por cada aumento de 1 unidad en el valor de Ct las probabilidades de infectividad disminuían en un 32%.
- La TST se asoció con el cultivo positivo (OR 0.63 ); por cada aumento de 1 día en el STT, la razón de probabilidades de ser positivo en el cultivo disminuyó en un 37%
- La probabilidad máxima de un cultivo positivo fue en el día 3 STT y disminuyó a partir de entonces.
- Tamaño de la muestra relativamente pequeño; no está claro cuántas muestras estaban disponibles por día.
- Ningún paciente era asintomático; estos resultados pueden no ser generalizables a esta población.
- Se utilizó el recuerdo del paciente para determinar el inicio de los síntomas; es posible un sesgo de recuerdo.
- 200 individuos investigados que acudieron a una clínica de infecciones respiratorias agudas en Tailandia.
- Los individuos fueron incluidos si tenían un historial de viaje desde un área endémica de COVID-19 en un plazo de 14 días o tenían un historial de contacto con un individuo que se confirmó que tenía o se sospechaba que tenía COVID-19.
- Los individuos proporcionaron hisopos nasofaríngeos, hisopos de garganta y muestras de saliva
- Determinar la viabilidad de las muestras de saliva para detectar el SARS-CoV-2.
- Entre los 19 pacientes diagnosticados con COVID-19 por RT-PCR de hisopo nasofaríngeo y de garganta, la mediana (IQR) de inicio de los síntomas antes de la prueba fue de 3 (2-11) días.
- Usando la RT-PCR de hisopo nasofaríngeo y faríngeo como estándar de referencia, la prevalencia de COVID-19 diagnosticada por RT-PCR de hisopo nasofaríngeo y faríngeo fue del 9,5% (19/200) en comparación con el 9% (18/200) con saliva.
- La sensibilidad y especificidad de las muestras de saliva fueron del 84,2% (IC del 95%: 60,4-96,6%), y del 98,9% (IC del 95%: 96,1-99.9%), respectivamente.
- El valor predictivo positivo y el valor predictivo negativo fueron del 88,9% (IC del 95%: 65,3%-98,6%), y del 98,4% (IC del 95%: 95,3%-99,7%).
- Un análisis de la concordancia entre la nasofaringe y la garganta en comparación con la saliva mostró una concordancia observada del 97,5% (coeficiente κ 0,851; p < 0,001).
- Sólo se inscribieron pacientes con síntomas respiratorios; por tanto, estos resultados no pueden aplicarse a pacientes asintomáticos.
- Tamaño de la muestra pequeño (n=19).
- 9 pacientes hospitalizados con COVID-19 leve procedentes de un clúster epidemiológico en Alemania.
- Todos los pacientes fueron diagnosticados inicialmente mediante RT-PCR a partir de muestras de hisopos orofaríngeos.
- Carga viral en pacientes con COVID-19.
- La carga viral media por RT-PCR fue de 6.76 × 105 copias por hisopo completo hasta el día 5; la carga viral alcanzó su máximo en el día 4, con 7,11 × 108 copias de ARN por hisopo de garganta.
- Las muestras tomadas después del día 5 tuvieron una carga viral media de 3,44 × 105 copias por hisopo.
- El SARS-CoV-2 pudo cultivarse durante la primera semana de los síntomas en el 16,66% de los hisopos y en el 83,33% de las muestras de esputo.
- Aunque el ARN viral se detectó mediante RT-PCR hasta 28 días después del inicio de los síntomas, el virus viable no pudo cultivarse después de 8 días.
- Una vez que la RT-PCR descendió por debajo de 106 copias/mL el virus ya no es cultivable.
- La seroconversión en el 50% de los pacientes se produjo en el día 7, y en todos los pacientes en el día 14, pero esto no se correlacionó con un rápido descenso de la carga viral.
- El tamaño de la muestra es pequeño.
- Todos los pacientes tenían COVID-19 leve, lo que puede limitar la generalización de los resultados a los pacientes con enfermedad moderada-grave.
- 76 residentes en un centro de enfermería especializada (48 positivos para COVID-19).
- Los residentes fueron categorizados como sintomáticos si habían tenido al menos un síntoma nuevo o empeorado típico o atípico de COVID-19 en los 14 días anteriores.
- Los residentes asintomáticos fueron aquellos que no tenían síntomas o sólo síntomas crónicos estables (por ejemplo, tos crónica sin empeoramiento).
- Los residentes presintomáticos fueron aquellos que estaban asintomáticos en el momento de la prueba pero que desarrollaron síntomas en los 7 días posteriores a la misma.
- Transmisión del SARS-CoV-2 y la adecuación del cribado basado en los síntomas para identificar infecciones en los residentes.
- 27 de 48 residentes (56%) estaban asintomáticos en el momento de las pruebas; de estos pacientes, 24 (88,9%) desarrollaron síntomas.
- Las muestras de estos 24 residentes presintomáticos tenían una mediana del valor del umbral del ciclo de rRT-PCR de 23,1, lo que indica una carga viral elevada
- Se cultivó el virus viable de 17 residentes.
- Este análisis se llevó a cabo en residentes de enfermería especializada, lo que puede limitar la generalización de los hallazgos.
- La determinación de los síntomas en la población fue difícil, lo que podría haber llevado a una clasificación errónea de los pacientes.
- 94 pacientes hospitalizados con COVID-19 en China.
- El 66% estaban moderadamente enfermos; ninguno fue clasificado como «grave» o «crítico» en el momento del ingreso hospitalario.
- Se recogieron 414 hisopos de garganta, desde el inicio de los síntomas hasta 32 días después del inicio.
- Se modelaron los perfiles de infectividad de COVID-19 a partir de una muestra separada de 77 pares de transmisión infector-infectado.
- Patrones temporales de excreción viral.
- Se detectaron cargas virales elevadas poco después del inicio de los síntomas, y luego disminuyeron gradualmente hacia el límite de detección alrededor del día 21.
- No hubo diferencias en las cargas virales según el sexo, los grupos de edad y la gravedad de la enfermedad.
- Basado en la modelización de los perfiles de infectividad de COVID-19, el 44% de los casos secundarios se infectaron durante la fase presintomática de los casos índice (IC del 95%: 30-57%).
- Se utilizó el recuerdo del paciente para determinar el inicio de los síntomas; es posible un sesgo de recuerdo.
- La mayoría de los pacientes tenían un COVID-19 moderado, lo que puede limitar la generalización de estos hallazgos a los pacientes con enfermedad grave.
- Estudio retrospectivo de 96 pacientes hospitalizados con COVID-19 en China; 22 con enfermedad leve y 74 con enfermedad grave.
- Se recogieron 3.497 muestras respiratorias, de heces, suero y orina.
- Carga viral por RT-PCR en diferentes estadios de la enfermedad por COVID-19.
- Se detectó ARN en las heces de 55 pacientes (59%) y en el suero de 39 pacientes (41%).
- La duración media del virus en las heces (22 días, IQR 17-31 días) fue significativamente mayor que en las muestras respiratorias (18 días, IQR 13-29 días; P=0.02) y en las muestras de suero (16 días, IQR 11-21 días; P<0,001).
- La duración media del virus en las muestras respiratorias de los pacientes con enfermedad grave (21 días, IQR 14-30 días) fue significativamente mayor que en los pacientes con enfermedad leve (14 días, IQR 10-21 días; P=0,04).
- En los pacientes con enfermedad leve, las cargas virales alcanzaron su punto máximo en las muestras respiratorias en la segunda semana desde el inicio de la enfermedad; en los pacientes con enfermedad grave, la carga viral continuó siendo elevada durante la tercera semana de enfermedad.
- Estudio en un solo centro.
- Los datos se recogieron de forma retrospectiva, lo que puede haber permitido que se produzcan factores de confusión.
- Un pequeño número de pacientes de la muestra (22) sólo tenía enfermedad leve.
- 18 pacientes dentro de 2 grupos familiares con COVID-19 de China – 1 persona era asintomática, mientras que 13 tenían neumonía en la TC.
- Se recogieron 72 hisopos de garganta y 72 hisopos nasales.
- Mediciones de la carga viral mediante RT-PCR.
- Las cargas virales fueron más altas poco después del inicio de los síntomas en comparación con más tarde.
- Se detectaron cargas virales más altas en la nariz en comparación con la garganta de los pacientes.
- El patrón de diseminación viral se asemejó al de la gripe más que al del SARS-CoV-2.
- La carga viral del paciente asintomático fue similar a la de los pacientes sintomáticos.
- Tamaño de la muestra pequeño.
- Los pacientes formaban parte del mismo grupo familiar; el inóculo viral puede haber sido mayor en este grupo que en los pacientes que se infectan fuera del hogar.
- 1070 muestras de SARS-CoV-2 de diferentes sitios en 205 pacientes hospitalizados con COVID-19, el 19% de los cuales tenía una enfermedad grave.
- Se recogieron hisopos faríngeos de RT-PCR de la mayoría de los pacientes entre 1 y 3 días después del ingreso en el hospital.
- Se recogieron muestras de sangre, esputo, heces, orina y RT-PCR nasal durante toda la hospitalización.
- Se tomaron muestras de líquido de lavado broncoalveolar y de biopsia de cepillo de fibrobroncoscopio de los pacientes con enfermedad grave o sometidos a ventilación mecánica.
- Determinar la biodistribución del SARS-CoV-2 en varios tejidos.
- Las muestras de líquido de lavado broncoalveolar mostraron las tasas positivas más altas (14/15; 93%), seguidas de esputo (72/104; 72%), hisopos nasales (5/8; 63%), biopsia de cepillo de fibrobroncoscopio (6/13; 46%), hisopos faríngeos (126/398; 32%), heces (44/153; 29%) y sangre (3/307; 1%).
- Los hisopos nasales tuvieron un umbral de ciclo medio más alto que otros sitios (24,3, frente a 30 ), lo que indica una mayor carga viral en las narinas.
- Algunos pacientes no disponían de información clínica detallada, lo que limitó que los datos se correlacionaran con los síntomas o la evolución de la enfermedad.
- El tamaño de la muestra era pequeño en algunas zonas de tejido.
- El momento de la toma de muestras difería entre los distintos centros, por lo que los resultados pueden no ser directamente comparables.
- El muestreo del tracto respiratorio inferior sólo se realizó en pacientes con enfermedad grave; los resultados de estos pacientes pueden no ser directamente comparables con los de los pacientes con enfermedad leve-moderada.
Punto final primario:
Conclusiones principales:
Limitaciones:
Detección salival de COVID-19 (Caulley, agosto de 2020).
En general, en este estudio prospectivo, las pruebas de saliva con una RT-PCR de SARS-CoV-2 fueron menos sensibles que las pruebas de hisopo nasofaríngeo u orofaríngeo.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados principales:
Limitaciones:
Muestras prospectivas de saliva o hisopo nasofaríngeo para la detección del SARS-CoV-2 (Wyllie, agosto de 2020).
En general, en este estudio prospectivo, la muestra de saliva se asoció con una sensibilidad similar a la del hisopo nasofaríngeo en la detección del ARN del SARS-CoV-2.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados principales:
Limitaciones:
Evaluación prospectiva de la saliva como muestra no invasiva para la detección del SARS-CoV-2 (Williams, julio de 2020).
En general, en este estudio prospectivo que evalúa la viabilidad de las muestras de saliva, la mayoría de los pacientes con hisopos nasofaríngeos positivos para el SARS-CoV-2 también tenían muestras de saliva positivas, pero la sensibilidad de esta última prueba fue menor. Se observaron mayores cargas virales con los hisopos nasofaríngeos.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados clave:
Limitaciones:
Variación de la tasa de falsos negativos de las pruebas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa de la transcriptasa inversa del SARS-CoV-2 según el tiempo transcurrido desde la exposición (Kucirka, mayo de 2020).
En general, en este análisis conjunto, los falsos negativos de la RT-PCR fueron menos frecuentes 3 días después del inicio de los síntomas. La tasa de RT-PCR falsos negativos fue más alta el día de la infección, fueron los más bajos 8 días después de la infección, y luego comenzaron a aumentar de nuevo.
Población de estudio:
Punto final primario:
Conclusiones principales:
Limitaciones:
Predecir el coronavirus del síndrome respiratorio agudo infeccioso 2 a partir de muestras de diagnóstico (Bullard, mayo de 2020).
En general, en este estudio transversal retrospectivo, la capacidad de cultivar el SARS-CoV-2 en un Ct > 24 o la duración de los síntomas > 8 días puede ser baja. Los autores asumen que el cultivo es un sustituto adecuado de la infectividad; aunque es una suposición razonable, no se ha demostrado.
Población de estudio:
Punto final primario:
Conclusiones principales:
Limitaciones:
Muestra de saliva como muestra no invasiva para el diagnóstico de la enfermedad por coronavirus 2019: un estudio transversal (Pasomsub, mayo 2020).
En general, en este estudio transversal, la muestra de saliva se asoció con una fuerte concordancia de la positividad de la RT-PCR del SARS-CoV-2 en comparación con los hisopos nasofaríngeos y de la garganta; sin embargo, el pequeño tamaño de la muestra y la inclusión de solo pacientes sintomáticos limita la generalizabilidad de los hallazgos.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados clave:
Limitaciones:
Evaluación virológica de pacientes hospitalizados con COVID-19 (Wölfel, abril de 2020).
En general, en este pequeño estudio de pacientes con COVID-19 leve, el pico de carga viral mediante RT-PCR se observó poco después del inicio de los síntomas (en el plazo de 4 días) y el virus viable no se cultivó más allá del día 8.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados principales:
Limitaciones:
Infecciones presintomáticas por SARS-CoV-2 y transmisión en un centro de enfermería especializada (Kimball, abril de 2020).
En general, en este estudio prospectivo de prevalencia puntual de residentes de enfermería especializada, los pacientes presintomáticos tenían cargas virales elevadas por RT-PCR.
Población de estudio:
Punto final primario:
Conclusiones principales:
Limitaciones:
Dinámica temporal en la excreción viral y la transmisibilidad de COVID-19 (He, April 2020).
En general, en este estudio prospectivo, la carga viral en los pacientes con COVID-19 fue más alta en el momento del inicio de los síntomas.
Población de estudio:
Punto final primario:
Conclusiones principales:
Limitaciones:
Dinámica de la carga viral y gravedad de la enfermedad en pacientes infectados con SARS-CoV-2 en la provincia de Zhejiang, China, entre enero y marzo de 2020: Un estudio de cohorte retrospectivo (Zheng, abril de 2020).
En general, en este estudio de cohorte retrospectivo la mediana de la duración de las pruebas RT-PCR positivas en muestras respiratorias fue de 21 días en pacientes con enfermedad grave y de 14 días en pacientes con enfermedad leve. La duración de la positividad de SARS-CoV-2 por RT-PCR fue significativamente mayor en las muestras de heces que en las muestras respiratorias y de suero.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados clave:
Limitaciones:
Evaluación prospectiva de la carga viral del SARS-CoV-2 en muestras respiratorias superiores de pacientes infectados (Zou, marzo de 2020).
En general, en este pequeño estudio prospectivo de pacientes con COVID-19, las cargas virales elevadas estaban presentes al principio de la aparición de los síntomas, en comparación con más tarde.
Población de estudio:
Punto final primario:
Conclusiones principales:
Limitaciones:
Evaluación retrospectiva de la detección del SARS-CoV-2 mediante RT-PCR en diferentes tipos de muestras clínicas (Wang, marzo de 2020).
En general, en esta evaluación retrospectiva de la RT-PCR del SARS-CoV-2 en diferentes lugares, las muestras del tracto respiratorio inferior tuvieron mayores tasas de positividad que las muestras del tracto respiratorio superior. Las cargas virales fueron más altas en las fosas nasales.
Población de estudio:
Punto final primario:
Resultados clave:
Limitaciones:
Literatura adicional
Evaluación de la exactitud de diferentes muestras respiratorias en el diagnóstico de laboratorio y seguimiento de la excreción viral de las infecciones por COV-n 2019 (Yang, febrero de 2020). 213 pacientes hospitalizados con COVID-19 en China proporcionaron 866 muestras respiratorias clínicas, incluyendo hisopos nasales y de garganta, esputo y líquido de lavado broncoalveolar. Las muestras de esputo fueron las más propensas a dar positivo por RT-PCR, independientemente de la gravedad clínica de la enfermedad.
Perfil de detección del SARS-CoV-2 mediante RT-PCR en diferentes tipos de muestras clínicas: Una revisión sistemática y meta-análisis (Bwire, julio de 2020). Se analizaron 8136 muestras clínicas agrupadas para detectar el SARS-CoV-2; la mayoría eran hisopos nasofaríngeos (69,6%). Las muestras del tracto respiratorio inferior tuvieron una tasa positiva del 71,3%; el líquido de lavado broncoalveolar tuvo una tasa positiva del 91,8%; el esputo tuvo una tasa positiva del 68,1%; y los hisopos nasofaríngeos tuvieron una tasa positiva del 45,5%.
Lo que sigue es una revisión curada de información y literatura clave sobre este tema. No es exhaustiva de todos los datos relacionados con este tema.
Resumen
Los virus que se adquieren principalmente por vía respiratoria, como el SARS-CoV-2, suelen diagnosticarse mediante la detección directa de componentes virales en muestras respiratorias. Las dos herramientas más utilizadas para ello son las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) o las pruebas basadas en antígenos.
Cuando comenzó la pandemia de COVID-19, las pruebas de PCR de transcriptasa inversa (RT-PCR) fueron las primeras en desarrollarse y desplegarse ampliamente (Corman et al., enero de 2020), y siguen siendo la principal herramienta utilizada para el diagnóstico. Aunque las pruebas de antígenos también se están utilizando y desarrollando, todavía no están ampliamente disponibles y actualmente tienen una fiabilidad variable. Para más detalles sobre las pruebas de antígenos y rápidas, consulte la sección de pruebas rápidas.
La RT-PCR del SARS-CoV-2 detecta el ARN viral; un resultado positivo es altamente específico para la presencia del virus. La sensibilidad de estas pruebas no es uniforme y se ve afectada no sólo por el propio ensayo, sino también por el límite de detección, el inóculo viral, el momento de la prueba y el lugar de recogida de la muestra. Los ensayos de detección viral directa pueden basarse en varias dianas genéticas y varían en sensibilidad y especificidad (FIND, julio de 2020).
Aquí nos centramos en la literatura relacionada con la sensibilidad de las pruebas de RT-PCR para el SARS-CoV-2, incluyendo la dinámica viral, los efectos del momento de la prueba en relación con el inicio de los síntomas, los lugares de la muestra y las implicaciones de la positividad persistente. Para un análisis más detallado de otros temas relacionados con las pruebas de PCR viral, consulte las Directrices de la IDSA sobre el diagnóstico de COVID-19.
Las directrices de la IDSA recomiendan la realización de pruebas de ácido nucleico (NAAT, también denominadas RT-PCR en esta revisión) para todos los individuos sintomáticos sospechosos de tener COVID-19 para individuos asintomáticos con contacto conocido o sospechoso con un caso de COVID-19; y para individuos asintomáticos cuando los resultados influyan en las decisiones de aislamiento/cuarentena/equipo de protección personal, dicten la elegibilidad para la cirugía o informen sobre la administración de la terapia inmunosupresora.