No entanto, a consanguinidade contém potenciais problemas. O pool genético limitado causado pela consanguinidade contínua significa que os genes deletérios se generalizam e a raça perde vigor. Os fornecedores de animais de laboratório dependem disto para criar estirpes uniformes de animais que são imuno-deprimidos ou que se reproduzem verdadeiramente para uma determinada doença, por exemplo, epilepsia. Tais animais são tão consanguíneos que são geneticamente idênticos (clones!), uma situação que normalmente só se verifica em gémeos idênticos. Da mesma forma, uma quantidade controlada de consanguinidade pode ser usada para fixar características desejáveis no gado agrícola, por exemplo, produção de leite, taxas de magreza/gordura, taxa de crescimento, etc.
Ocorrência natural de consanguinidade
Isto não quer dizer que a consanguinidade não ocorra naturalmente. Uma matilha de lobos, que é isolada de outras matilhas de lobos, por factores geográficos ou outros, pode tornar-se muito consanguínea. O efeito de quaisquer genes deletérios torna-se perceptível em gerações posteriores, uma vez que a maioria dos descendentes herdam estes genes. Os cientistas descobriram que os lobos, mesmo vivendo em áreas diferentes, são geneticamente muito semelhantes. Possivelmente a desolação do seu habitat natural reduziu drasticamente o número de lobos no passado, criando um estrangulamento genético.
No lobo, a falta de diversidade genética torna-os susceptíveis à doença, uma vez que não têm a capacidade de resistir a certos vírus. A consanguinidade extrema afecta o seu sucesso reprodutivo com pequenas ninhadas e elevadas taxas de mortalidade. Alguns cientistas esperam poder desenvolver um pool genético mais variado introduzindo lobos de outras áreas nas matilhas de lobos consanguíneos.
Outro animal que sofre dos efeitos da consanguinidade é o panda gigante. Tal como no caso do lobo, isto tem levado a uma fraca fertilidade entre os pandas e a elevadas taxas de mortalidade infantil. medida que as populações de panda se tornam mais isoladas umas das outras (devido ao facto de os humanos bloquearem as rotas que os pandas outrora utilizavam para se deslocarem de uma área para outra), os pandas têm maior dificuldade em encontrar um companheiro com uma mistura diferente de genes e procriar com menos sucesso.
Em gatos o isolamento natural e a consanguinidade deram origem a raças domésticas como o Manx que se desenvolveu numa ilha de modo que o gene para a ausência de taillessness se tornou generalizado apesar dos problemas associados a ele. Para além do estranho barco de salto do gato na Ilha de Man, houve pouco cruzamento e o efeito da consanguinidade reflecte-se em ninhadas de tamanho inferior à média (os geneticistas acreditam que mais gatinhos Manx do que se pensava anteriormente são reabsorvidos devido a anomalias genéticas), nados-mortos e anomalias da coluna vertebral que os criadores diligentes têm trabalhado tão arduamente para eliminar.
Algumas colónias selvagens tornam-se altamente consanguíneas devido ao isolamento de outros gatos (por exemplo, numa quinta remota) ou porque outros potenciais companheiros na área foram castrados, removendo-os do pool genético. A maioria dos trabalhadores de gatos que lidam com gatos selvagens têm encontrado alguns dos efeitos da consanguinidade. Dentro dessas colónias pode haver uma ocorrência superior à média de certos traços. Alguns não são graves, por exemplo, uma predominância de gatos de padrão calico. Outros traços herdados que podem ser encontrados em números superiores à média nas colónias consanguíneas incluem polidactilia (o caso mais extremo relatado até agora é um gato americano com nove dedos em cada pé), nanismo (embora as fêmeas anãs possam ter problemas quando tentam dar à luz gatinhos devido ao tamanho da cabeça dos gatinhos), outras deformidades estruturais ou uma predisposição para certas condições hereditárias.
O resultado final da consanguinidade contínua é a falta de vigor terminal e a provável extinção à medida que o pool genético se contrai, a fertilidade diminui, as anomalias aumentam e as taxas de mortalidade aumentam.