John Fremont nasceu em Savanannah, Geórgia, a 21 de Janeiro de 1813. Educado no Charleston College, ensinou matemática antes de entrar para o Corpo de Engenheiros Topográficos do Exército em 1838. No ano seguinte, Fremont juntou-se a um partido liderado por Joseph N. Nicollet, que pesquisou e mapeou a região entre os rios Mississippi superior e Missouri.
Fremont pesquisou o rio Des Moines em 1841. Patrocinado pelo senador do Missouri, Thomas Hart Benton, em 1842 Fremont mapeou a maior parte da Trilha do Oregon e escalou o segundo pico mais alto das Montanhas do Rio Wind River, mais tarde conhecido como Pico Fremont.
Em 1843, com Kit Carson e Tom Fitzpatrick como seus guias, a festa de Fremont seguiu o Rio Cache de la Poudre até às Montanhas Laramie. Atravessou então as Montanhas Rochosas através do Passo Sul e do Rio Verde. Seguiu depois o Rio Bear até chegar ao Great Salt Lake.
Após passar algum tempo em Fort Hall, seguiu o Rio Snake passando por Fort Boise até Fort Vancouver, onde conheceu John McLoughlin. Fremont virou então para sul, onde explorou o Lago Klamath e a Grande Bacia antes de fazer uma travessia a meio do Inverno das montanhas da Serra Nevada e, apesar das grandes dificuldades, chegou ao Forte Sutter. Fremont acabou por chegar a St. Louis a 6 de Agosto de 1844.
Fremont fez a sua terceira expedição em 1845 durante a qual explorou a Grande Bacia e a costa do Pacífico. Enquanto isto acontecia, a Guerra Mexicana começou. Fremont recebeu a patente de major no exército dos Estados Unidos e ajudou a anexar a Califórnia. O Comodoro Robert Stockton nomeou Fremont como governador da Califórnia. Contudo, em 1847 Fremont entrou em conflito com o General Stephen Kearny e, como resultado, foi preso por motim e insubordinação e foi subsequentemente levado a tribunal marcial. O Presidente James Polk interveio e Fremont acabou por ser libertado.
No Inverno de 1848 e 1849 Fremont liderou uma expedição para localizar passes para uma linha ferroviária proposta do alto Rio Grande para a Califórnia. Durante a Corrida do Ouro Californiano foi descoberto ouro na sua propriedade e tornou-se multimilionário.
Em 1850 Fremont foi eleito senador para a Califórnia. Um forte opositor da escravatura, membro fundador de Fremont do Partido Republicano. Em 1856 Fremont foi escolhido como seu primeiro candidato presidencial e embora o candidato do Partido Democrata, James Buchanan, tenha ganho com 1.838.169 votos, fez bem em obter o apoio de 1.335.264 eleitores.
Quando Abraham Lincoln foi eleito presidente em 1860, esperava-se que Fremont fosse nomeado para o Gabinete. Lincoln mostrou-se relutante em fazê-lo e propôs, em vez disso, que Fremont fosse nomeado ministro de França. William H. Seward, Secretário de Estado, opôs-se, afirmando que como Fremont tinha nascido na Geórgia, não se podia confiar nele para permanecer leal durante um conflito com o Sul.
No início da Guerra Civil Americana, Fremont foi nomeado Major-General do Exército da União e colocado no comando do recém-criado Departamento Ocidental com sede em St. A 30 de Agosto de 1861, Freemont proclamou que todos os escravos propriedade dos Confederados no Missouri eram livres. Abraham Lincoln ficou furioso quando ouviu a notícia, pois temia que esta acção obrigasse os proprietários de escravos nos estados fronteiriços a juntarem-se às forças confederadas. Lincoln pediu a Fremont para modificar a sua ordem e libertar apenas os escravos pertencentes a Missourianos que trabalham activamente para o Sul. Fremont recusou-se a afirmar que “isso implicaria que eu próprio o achasse errado e que tivesse agido sem reflexão, o que a gravidade do ponto exigia”.
Montgomery Blair, o General dos Correios, que tinha inicialmente apoiado a nomeação de Fremont, instou agora Abraham Lincoln a despedi-lo. Lincoln respondeu enviando Simon Cameron, Secretário de Guerra, o Congressista Elihu Washburne e o General Lorenzo Thomas para investigar a situação em St. Depois de terem informado Lincoln, ele decidiu dispensar Fremont do seu comando. Foi substituído pelo general conservador Henry Halleck.
Horace Greeley, editor do New York Tribune, escreveu uma carta aberta a Abraham Lincoln defendendo Fremont e criticando o presidente por não fazer da escravatura a questão dominante da guerra e comprometendo os princípios morais por motivos políticos. Lincoln respondeu de forma famosa: “O meu objectivo primordial nesta luta é salvar a União, e não é nem salvar nem destruir a escravatura. Se eu pudesse salvar a União sem libertar nenhum escravo, fá-lo-ia; e se pudesse salvá-la libertando todos os escravos, fá-lo-ia”
Fremont era uma figura popular com Publicações Radicais e em Março de 1862, Abraham Lincoln concordou em nomeá-lo como comandante do recém estabelecido Departamento de Montanha. Contudo, Fremont foi severamente criticado por não ter conseguido lidar com Thomas Stonewall Jackson durante o seu Vale de Shenandoah. A 26 de Junho, as tropas de Freemont ficaram sob o comando do General John Pope. Fremont recusou-se a servir sob o Papa e passou o resto da guerra em Nova Iorque.
Em Maio de 1864, uma convenção de Publicações Radicais seleccionou Fremont como seu candidato a presidente. Fremont aceitou a nomeação e disse à audiência: “Hoje temos neste país os abusos de um ditame militar sem a sua unidade de acção e vigor de execução”. A ideia de um candidato radical candidato a presidente nas eleições preocupou Abraham Lincoln e as negociações começaram a persuadi-lo a mudar de ideias. O preço de Fremont foi a remoção do seu velho inimigo, Montgomery Blair, do Gabinete. A 22 de Setembro de 1864, Fremont retirou-se do concurso. No dia seguinte, Lincoln despediu Blair e substituiu-o pelo radical, William Dennison.
Após a Guerra Civil Americana, Fremont envolveu-se no financiamento e construção de caminhos-de-ferro. Isto foi um fracasso e ele perdeu a fortuna que fez durante a Corrida do Ouro Californiano. Voltou à política quando se tornou governador do Território do Arizona (1873-83).
Fremont escreveu vários livros, incluindo vários sobre as suas expedições e a sua autobiografia, Memórias da minha vida (1887). John Fremont morreu em Nova Iorque a 13 de Julho de 1890.