Dos gregos ao Renascimento
O primeiro grande generalizador da classificação ocidental foi Aristóteles, que praticamente inventou a ciência da lógica, da qual durante 2.000 anos fez parte a classificação. Os gregos tiveram contacto constante com o mar e a vida marinha, e Aristóteles parece tê-la estudado intensivamente durante a sua estadia na ilha de Lesbos. Nos seus escritos, descreveu um grande número de grupos naturais, e, embora os tenha classificado de simples a complexos, a sua ordem não era evolutiva. Contudo, estava muito à frente do seu tempo, ao separar os animais invertebrados em diferentes grupos e estava ciente de que as baleias, golfinhos e botos tinham caracteres mamíferos e não eram peixes. Na falta do microscópio, ele não podia, claro, lidar com as minúsculas formas de vida.
O método aristotélico dominou a classificação até ao século XIX. O seu esquema era, com efeito, que a classificação de um ser vivo pela sua natureza – ou seja, o que ele realmente é, contra as semelhanças superficiais – exige o exame de muitos espécimes, o descarte de caracteres variáveis (uma vez que devem ser acidentais, não essenciais), e o estabelecimento de caracteres constantes. Estes podem então ser utilizados para desenvolver uma definição que afirma a essência do ser vivo – o que faz dele o que é e, portanto, não pode ser alterado; a essência é, evidentemente, imutável. O modelo para este procedimento deve ser visto na matemática, especialmente na geometria, que fascinou os gregos. A matemática pareceu-lhes o tipo e o modelo de conhecimento perfeito, uma vez que as suas deduções dos axiomas eram certas e as suas definições perfeitas, independentemente de uma figura geométrica perfeita alguma vez poder ser desenhada. Mas o procedimento aristotélico aplicado aos seres vivos não é por dedução de axiomas declarados e conhecidos; é antes por indução a partir de exemplos observados e, portanto, não conduz à essência imutável, mas a uma definição lexical. Embora tenha previsto durante séculos um procedimento para tentar definir os seres vivos através de uma análise cuidadosa, negligenciou a variação dos seres vivos. É interessante que as poucas pessoas que compreenderam a Origem das Espécies de Charles Darwin em meados do século XIX eram empíricos que não acreditavam numa essência de cada forma.
Aristóteles e o seu aluno em botânica, Theophrastus, não tiveram sucessores notáveis durante 1.400 anos. Por volta do século XII ce, os trabalhos botânicos necessários à medicina começaram a conter ilustrações precisas de plantas, e alguns poucos começaram a arranjar plantas semelhantes em conjunto. Os enciclopedistas também começaram a reunir a sabedoria clássica e algumas observações contemporâneas. O primeiro florescimento do Renascimento em biologia produziu, em 1543, o tratado de Andreas Vesalius sobre anatomia humana e, em 1545, o primeiro jardim botânico universitário, fundado em Pádua, Itália. Depois deste tempo, o trabalho em botânica e zoologia floresceu. John Ray resumiu no final do século XVII os conhecimentos sistemáticos disponíveis, com classificações úteis. Ele distinguiu as plantas monocotiledóneas das dicotiledóneas em 1703, reconheceu as verdadeiras afinidades das baleias, e deu uma definição viável do conceito de espécie, que já se tinha tornado a unidade básica de classificação biológica. Ele temperou a lógica aristotélica de classificação com observação empírica.