San Juan Bautista es una antigua misión española en San Juan Bautista, California. Fue la 15ª de las 21 misiones de California. La misión lleva el nombre de Juan Bautista, un profeta de la época de Jesucristo. La Misión de San Juan Bautista se conoce como la Misión de la Música casi desde su fundación. Su tradición musical se remonta a principios de 1800.
La Misión San Juan Bautista fue fundada por el sacerdote católico romano Fermín Francisco de Lasuén el 24 de junio de 1797. Los nativos americanos de la zona eran los costaneros. Ayudaron a criar el ganado, a construir edificios y a cultivar cosechas como guisantes, maíz y trigo.
La Misión San Juan Bautista está muy cerca de la Falla de San Andrés (una zona activa de terremotos). En 1906 un fuerte terremoto destruyó los edificios de la misión y parte de la iglesia. La iglesia fue restaurada en 1976.
La iglesia de San Juan Bautista ha estado activa desde 1797, y la iglesia de adobe ha estado en uso continuo desde 1812. La misión forma parte de la única plaza española que queda en California. Hay 30 edificios históricos en los alrededores de la plaza. El distrito histórico de la plaza de San Juan Bautista es un monumento histórico nacional.