De los griegos al Renacimiento
El primer gran generalizador de la clasificación occidental fue Aristóteles, que prácticamente inventó la ciencia de la lógica, de la que durante 2.000 años formó parte la clasificación. Los griegos tenían un contacto constante con el mar y la vida marina, y parece que Aristóteles lo estudió intensamente durante su estancia en la isla de Lesbos. En sus escritos, describió un gran número de grupos naturales y, aunque los clasificó de simples a complejos, su orden no era evolutivo. Sin embargo, se adelantó mucho a su tiempo al separar los animales invertebrados en diferentes grupos y era consciente de que las ballenas, los delfines y las marsopas tenían caracteres de mamíferos y no eran peces. Al carecer del microscopio, no pudo, por supuesto, ocuparse de las formas de vida diminutas.
El método aristotélico dominó la clasificación hasta el siglo XIX. Su esquema era, en efecto, que la clasificación de un ser vivo por su naturaleza -es decir, lo que realmente es, frente a los parecidos superficiales- requiere el examen de muchos ejemplares, el descarte de los caracteres variables (ya que deben ser accidentales, no esenciales) y el establecimiento de caracteres constantes. A partir de ellos, se puede elaborar una definición que establezca la esencia del ser vivo, es decir, lo que hace que sea lo que es y que, por tanto, no se pueda alterar; la esencia es, por supuesto, inmutable. El modelo de este procedimiento se encuentra en las matemáticas, especialmente en la geometría, que fascinaba a los griegos. Las matemáticas les parecían el tipo y el ejemplo del conocimiento perfecto, ya que sus deducciones a partir de axiomas eran seguras y sus definiciones perfectas, independientemente de que se pudiera dibujar alguna vez una figura geométrica perfecta. Pero el procedimiento aristotélico aplicado a los seres vivos no es por deducción a partir de axiomas declarados y conocidos, sino por inducción a partir de ejemplos observados y, por tanto, no conduce a la esencia inmutable sino a una definición léxica. Aunque proporcionó durante siglos un procedimiento para intentar definir los seres vivos mediante un análisis cuidadoso, descuidó la variación de los seres vivos. Es interesante que las pocas personas que entendieron el Origen de las Especies de Charles Darwin a mediados del siglo XIX eran empiristas que no creían en una esencia de cada forma.
Aristóteles y su alumno en botánica, Teofrasto, no tuvieron sucesores notables durante 1.400 años. Aproximadamente en el siglo XII d.C., las obras de botánica necesarias para la medicina empezaron a contener ilustraciones precisas de las plantas, y algunas empezaron a ordenar plantas similares entre sí. Los enciclopedistas también empezaron a reunir la sabiduría clásica y algunas observaciones contemporáneas. El primer florecimiento del Renacimiento en biología produjo, en 1543, el tratado de anatomía humana de Andreas Vesalius y, en 1545, el primer jardín botánico universitario, fundado en Padua, Italia. A partir de entonces, los trabajos de botánica y zoología florecieron. John Ray resumió a finales del siglo XVII los conocimientos sistemáticos disponibles, con útiles clasificaciones. Distinguió las plantas monocotiledóneas de las dicotiledóneas en 1703, reconoció las verdaderas afinidades de las ballenas y dio una definición factible del concepto de especie, que ya se había convertido en la unidad básica de la clasificación biológica. Atemperó la lógica aristotélica de la clasificación con la observación empírica.