Durante los últimos años del siglo XVIII, los miembros de la familia Böhm, que acabaron cambiando la ortografía de su apellido por la de «Beam», emigraron de Alemania y se establecieron en Kentucky.
Johannes «Jacob» Beam (1760-1834) fue un granjero que comenzó a producir whisky en el estilo que se convirtió en bourbon. Jacob Beam vendió sus primeros barriles de whisky de maíz alrededor de 1795, entonces llamado Old Jake Beam Sour Mash.
El hijo de Jacob Beam, David Beam (1802-1854), asumió las responsabilidades de su padre en 1820 a la edad de 18 años, ampliando la distribución del bourbon de la familia durante una época de Revolución Industrial. David M. Beam (1833-1913) trasladó en 1854 la destilería al condado de Nelson para aprovechar la creciente red de líneas ferroviarias que conectaban los estados.
Hasta 1880, los clientes llevaban sus propias jarras a la destilería para llenarlas de whisky. En 1880, la empresa comenzó a embotellar el producto y a venderlo a nivel nacional bajo la marca «Old Tub».
James Beauregard Beam (1864-1947) dirigió el negocio familiar antes y después de la Ley Seca, reconstruyendo la destilería en 1933-1934 en Clermont, Kentucky, cerca de su casa de Bardstown. La James B. Beam Distilling Company fue fundada en 1935 por Harry L. Homel, Oliver Jacobson, Harry Blum y Jeremiah Beam.
En 1943, el nombre de la marca se cambió de «Old Tub» a «Jim Beam», en honor a James Beauregard Beam, y algunas de las etiquetas de las botellas llevan la frase «None Genuine Without My Signature» con la firma de James B. Beam. En 1945, la empresa fue adquirida por Harry Blum, un comerciante de bebidas alcohólicas de Chicago. La empresa Beam fue adquirida por American Brands en 1968.
T. Jeremiah Beam (1899-1977) comenzó a trabajar en la destilería de Clear Springs en 1913, convirtiéndose más tarde en el maestro destilador y supervisando las operaciones en las nuevas instalaciones de Clermont. Con el tiempo, Jeremiah Beam se hizo con la propiedad total y abrió una segunda destilería cerca de Boston, Kentucky, en 1954. Posteriormente, Jeremiah se asoció con su amigo de la infancia, Jimberlain Joseph Quinn, para ampliar la empresa.
Booker Noe (Frederick Booker Noe II, 1929-2004), nieto de Jim Beam, fue el maestro destilador de la destilería Jim Beam durante más de 40 años, trabajando estrechamente con el maestro destilador Jerry Dalton (1998-2007). En 1987 Booker introdujo su bourbon homónimo, Booker’s, el primer bourbon sin cortar, directamente del barril, y el primero de la «Small Batch Bourbon Collection» de la empresa.
Fred Noe (Frederick Booker Noe III, 1957-) se convirtió en la séptima generación de destiladores de la familia Beam en 2007 y viaja regularmente con fines promocionales.
En 1987, Jim Beam compró National Distillers, adquiriendo marcas como Old Crow, Bourbon de Luxe, Old Taylor, Old Grand-Dad y Sunny Brook. Old Taylor se vendió posteriormente a la compañía Sazerac.
El 4 de agosto de 2003, un incendio destruyó un almacén de envejecimiento de Jim Beam en Bardstown, Kentucky. Contenía 15.000 barriles (3.010.000 litros) de bourbon. Las llamas se elevaron más de 30 metros desde la estructura. El bourbon en llamas se derramó desde el almacén hasta un arroyo cercano. Se estima que 19.000 peces murieron por el bourbon en el arroyo y en un río.
Jim Beam formaba parte del holding antes conocido como Fortune Brands que fue desmantelado en 2011. Otras partes de la empresa restante se escindieron como una oferta pública inicial en la Bolsa de Nueva York el mismo día, como Fortune Brands Home & Security, y la división de licores del holding pasó a llamarse Beam, Inc. el 4 de octubre de 2011. En enero de 2014, se anunció que Beam Inc. sería adquirida por Suntory Holdings Ltd., un grupo japonés de cerveceros & conocidos por producir el primer whisky de Japón. La empresa combinada se conoce como Beam Suntory.
El 3 de julio de 2019, se incendió otro almacén que destruyó alrededor de 45.000 barriles (2.385.000 galones americanos (9.030.000 l)) de bourbon. El incendio provocó el vertido de bourbon en el río Kentucky y en Glenns Creek. Tras el incendio de 2003, se decidió no utilizar agua y dejar que se consumiera por sí solo para reducir el vertido en el ecosistema. El coste estimado del incendio para Beam Suntory fue de unos 45 millones de dólares.
El Gabinete de Energía y Medioambiente de Kentucky (KEEC) emitió un comunicado a través de su página oficial de Facebook en el que afirmaba que la pluma de alcohol había alcanzado 23 millas entre Owenton y Carrollton. El KEEC junto con las agencias locales y federales utilizaron la aireación para aumentar los niveles de oxígeno en el agua para evitar la muerte adicional de los peces.