Embora milhares de milhões de dólares de impostos sejam gastos a reforçar a segurança do aeroporto, há receios de que as coisas ainda não estejam suficientemente seguras. Um relatório de Março de 2004 do Government Accountability Office (GAO, antigo General Accounting Office) disse que ainda existiam problemas “na contratação, destacamento, e formação de pessoal de rastreio”. A escassez de pessoal e o processo de contratação de TSA continuam a dificultar a sua capacidade de rastreio total do pessoal”
O GAO também notou os grandes atrasos na implementação do CAPPS II, que está muito atrasado e nem sequer tem data de conclusão ou estimativas de custos. O relatório GAO afirma, “A TSA não abordou completamente sete das oito questões identificadas pelo Congresso como elementos-chave relacionados com o desenvolvimento, operação e aceitação pública do CAPPS II”
O programa dos marshals do ar também foi alvo de fogo no relatório GAO – a necessidade de muitos marshals adicionais resultou num programa de formação abreviado, e os cortes orçamentais paralisaram ainda mais o programa. Uma investigação recente do inspector-geral do DHS encontrou 753 relatórios de má conduta dos marshals aéreos durante um período de oito meses em 2002, incluindo dormir e estar bêbado enquanto de serviço.
Finalmente, muitos peritos em segurança receiam que haja demasiadas ameaças que não estão de todo a ser abordadas. Muitos bagageiros, mecânicos e outros técnicos com acesso a aviões não são inspeccionados ou revistados. Os lançadores de mísseis terra-ar portáteis são outra preocupação – actualmente, a aviação dos EUA praticamente não tem defesa contra tal ataque.